發(fā)簡信
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Gromacs計算蛋白小分子復合物中蛋白-配體的相互作用能本文參考“Gromacs官方手冊-李繼存老師翻譯版”。 GROMACS 可以計算任何已定義原子組之間的短程非鍵相互作用能朽砰。需要注意的是捺萌，這個量既...
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Windows下利用ORCA結合Multiwfn方法計算配體原子電荷本文參考Sob老師的blog：http://sobereva.com/476[http://sobereva.com/476]。誠然新博，要做分子動...
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AutoDock Vina分子對接全步驟一.蛋白大分子的格式轉化 在進行Autodock Vina分析前薪夕，我們需要對蛋白分子的格式進行轉化，需要將.pdb格式轉化為.pdbqt赫悄。這里通...
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DuIvyTools可視化Gromacs分析結果常用命令
dit xvg_show -f rmsd.xvg -xs 1000 -x "Time (ps)" 可視化.xvg圖片原献，并將橫軸改為ps為單位d...
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ImageJ測定灰度值1.1.1 打開 image J； 1.1.2 打開需要分析的圖片：“file- open- 找到圖片”埂淮； 1.1.3 圖片轉換為灰度圖 1.1...
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Gromacs-蛋白小分子復合物分子動力學模擬實戰(zhàn)（包括軟件安裝）最近在做蛋白與小分子復合物的動力學模擬姑隅，學習了Gromacs的用法，以此記錄一下倔撞。這里貼出Gromacs的官方文檔http://www.mdtu...
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Pymol繪制受體與配體相互作用圖主要命令color wheat, lig&name C* 將配體C原子設置為小麥色color smudge, !lig&name C* 設置除配體外C...
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利用TBTools分析并可視化基因結構域基因的保守結構域分析是做基因功能驗證所必須的分析讲仰。通常分析結構域用到的數(shù)據(jù)庫有pfam、NCBI CDD和SMART误窖。本文記錄一下通過TBToo...