基因的保守結(jié)構(gòu)域分析是做基因功能驗(yàn)證所必須的分析框都。通常分析結(jié)構(gòu)域用到的數(shù)據(jù)庫(kù)有pfam外厂、NCBI CDD和SMART劝赔。本文記錄一下通過(guò)TBTools一鍵分析基因結(jié)構(gòu)域并利用工具可視化的具體步驟丁鹉。
本文所用到的數(shù)據(jù)庫(kù)是SMART喂江，在TBTools的對(duì)應(yīng)工具為Batch SMART 召锈。Batch SMART 事實(shí)上是一個(gè)模擬網(wǎng)頁(yè)提交的腳本/爬蟲(chóng)，自動(dòng)在網(wǎng)站提交序列從而得到結(jié)果获询，很大程度上依賴(lài)于網(wǎng)速涨岁。下面介紹方法：
1.準(zhǔn)備文檔
需要整合基因的氨基酸序列（.fasta或.txt）、蛋白的長(zhǎng)度吉嚣。
蛋白長(zhǎng)度文件梢薪，需要是.txt文件，不能有空格
2.下載插件
若第一次使用尝哆，則需要在插件商店Plugin Store下載插件使用
進(jìn)入插件商店
找到對(duì)應(yīng)插件點(diǎn)擊安裝
3.上傳序列進(jìn)行結(jié)構(gòu)域分析
上傳氨基酸序列并設(shè)置輸出目錄秉撇，通常為.xls文件。隨后運(yùn)行start即可秋泄。（需耐心等待畜疾，時(shí)間較長(zhǎng)）
上傳氨基酸序列
4.可視化結(jié)果
本來(lái)這個(gè)插件可以一鍵可視化的，但最近使用總是分析后報(bào)錯(cuò)印衔，彈黑框啡捶。所以使用常規(guī)方法進(jìn)行可視化。首先打開(kāi)Basic Biosequence View工具奸焙。上傳蛋白長(zhǎng)度文檔瞎暑，上傳上一步得到的結(jié)果，如圖所示与帆。
可視化
可視化
5.得到結(jié)果
結(jié)果
