孟德?tīng)栯S機(jī)化推斷暴露因素與健康結(jié)局的因果關(guān)系[http://www.reibang.com/p/8ac31267d3d8] TwoSampleMR：兩樣本孟德?tīng)栯S機(jī)化[ht...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：河南
-
多變量孟德?tīng)栯S機(jī)化MVMR -
TwoSampleMR 遇到的坑
第一次嘗試醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)常用的MR，我選擇了比較多用的R包恨樟，TwoSampleMR, 這個(gè)包還有一個(gè)webApp -- MRbase.所有流程基本和網(wǎng)上可以搜到的一樣半醉，這里推薦這個(gè)...
-
為什么說(shuō)FPKM和RPKM都錯(cuò)了？
這本是三年多之前我發(fā)在公眾號(hào)上的一篇舊文劝术，一些偶然的機(jī)會(huì)缩多，發(fā)現(xiàn)不少朋友也在討論這個(gè)問(wèn)題呆奕，因此我重新做了梳理并發(fā)出來(lái)。這樣的討論是有益的衬吆，放在今天也不過(guò)時(shí)梁钾，我也愿意和更多的朋友...
-
RNA-seq中的那些統(tǒng)計(jì)學(xué)問(wèn)題（二）FPKM/RPKM之外的那些標(biāo)準(zhǔn)化方法目錄 1. 標(biāo)準(zhǔn)化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
-
從TCGA數(shù)據(jù)中提取lncRNA(這是一個(gè)找bug教程)從果子老師的從TCGA數(shù)據(jù)中提取lncRNA并進(jìn)行下游分析一文中，我學(xué)到了如何從TCGA表達(dá)譜數(shù)據(jù)中提取RNA咆槽。老師的教程已經(jīng)寫的很詳細(xì)了陈轿，我再補(bǔ)充一點(diǎn)：如何下載GTF注視文...
-
GTF文件讀取
GTF簡(jiǎn)介 GTF文件的全稱是gene transfer format圈纺，主要是對(duì)染色體上的基因進(jìn)行標(biāo)注秦忿。怎么理解呢，其實(shí)所謂的基因名蛾娶，基因座等灯谣，都只是后來(lái)人們給一段DNA序列...
