比較基因組學(xué)分析目錄 1：?jiǎn)慰截惢驑?gòu)建物種樹(shù)以及計(jì)算分化時(shí)間[http://www.reibang.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
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比較基因組學(xué)分析2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析 -
hyphy計(jì)算選擇壓力(+pal2nal的使用)官網(wǎng)：http://www.hyphy.org/[http://www.hyphy.org/]http://www.bork.embl.de/pal2nal/[http://...
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(bed焚廊、gff寄狼、vcf......)不同基因組之間的坐標(biāo)轉(zhuǎn)換基本思路都是從不同軟件的結(jié)果通過(guò)手動(dòng)操作轉(zhuǎn)為minimap2的paf格式再轉(zhuǎn)為chain文件芍耘，基于chain文件便能獲得坐標(biāo)轉(zhuǎn)換paf文件格式解讀:https://wap.s...
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[基因組工具]seqkit的使用
SeqKit的學(xué)習(xí) --20191017 軟件的介紹 SeqKit是一種跨平臺(tái)的熔萧、極快的婆排，全面的fasta/q處理工具玻佩。SeqKit為所有的主流操作系統(tǒng)提供了一種可執(zhí)行的雙元...
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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（六）：GO荷科、KEGG富集分析與enrichplot超全可視化攻略本節(jié)概覽：1.獲取DEG結(jié)果的上下調(diào)差異基因2.bitr()函數(shù)轉(zhuǎn)化基因名為entrez ID3.利用clusterProfiler進(jìn)行KEGG與GO富集4.用enrichp...
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GOstats: 麻瓜一鍵分析 GO/KEGG 富集情況本菜甚至是不好意思PO這篇 Tools for manipulating GO and microarrays Falcon S, Gentleman R (2007). “...
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生物信息學(xué)中常用的文件轉(zhuǎn)換命令
放置在最前面的參考鏈接 http://barcwiki.wi.mit.edu/wiki/SOPs/coordinates 支持的文件轉(zhuǎn)換類型 text file to wig...
