@zuby Mfuzz包自帶的
Mfuzz的使用最近在進(jìn)行ATAC和RNA-Seq的聯(lián)合分析，由于處理的材料是時(shí)間相關(guān)的，所以time-course也是一個(gè)可以分析的點(diǎn)佣耐。在一位劉潛老哥的幫助下家卖，我找到了一篇靠譜熊 轉(zhuǎn)錄組時(shí)...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：遼寧
-
awk提取差異分析結(jié)果時(shí)候的一個(gè)小錯(cuò)誤
我有時(shí)候會(huì)對(duì)DIffBind的輸出結(jié)果進(jìn)行下修改潮剪，然后放到deeptools-computeMatrix里面去裁良。跟之前的HOMER一樣衷恭，computeMatrix要求的也是b...
-
@三木_bc82 你這個(gè)數(shù)據(jù)集好像我一個(gè)也加載不出來(lái)……
一個(gè)不一樣的NCBI下載方法
之前在twitter上看見(jiàn)一個(gè)老哥開(kāi)發(fā)了一個(gè)網(wǎng)站 sra-explorer扰付，大致意思就是能夠解析你輸入的SRA號(hào)堤撵，比如說(shuō)GSEXXX，SRPXXX羽莺，SRRXXX等（就是文章最...
-
@三木_bc82 我手機(jī)打開(kāi)了下实昨，沒(méi)問(wèn)題唉
一個(gè)不一樣的NCBI下載方法
之前在twitter上看見(jiàn)一個(gè)老哥開(kāi)發(fā)了一個(gè)網(wǎng)站 sra-explorer，大致意思就是能夠解析你輸入的SRA號(hào)盐固，比如說(shuō)GSEXXX荒给，SRPXXX，SRRXXX等（就是文章最...
-
所以我后來(lái)不用Gviz了……
我可能是最后一個(gè)知道IGV也可以overlap Track的
之前一直非常眼饞Gviz的這個(gè)overlay功能刁卜。 因?yàn)槲覀冏鯟hIP-Seq的時(shí)候志电，會(huì)有IP和Input。盡管我們可以在發(fā)文章的時(shí)候蛔趴，在IGV上只放IP挑辆，但放上input會(huì)...
-
@要快樂(lè)_更要經(jīng)歷山河 額，我因?yàn)檫€沒(méi)怎么弄懂Mfuzz，所以暫時(shí)放棄了軟聚類這種方法之拨。我現(xiàn)在一般是直接用R里面的Kmeans茉继，那個(gè)我還有點(diǎn)懂……
Mfuzz的使用
最近在進(jìn)行ATAC和RNA-Seq的聯(lián)合分析，由于處理的材料是時(shí)間相關(guān)的蚀乔，所以time-course也是一個(gè)可以分析的點(diǎn)。在一位劉潛老哥的幫助下菲茬，我找到了一篇靠譜熊 轉(zhuǎn)錄組時(shí)...
-
三步讓你隨時(shí)隨地能用VSCode寫代碼你需要一臺(tái)擁有公網(wǎng)IP的云服務(wù)器 第一步: 在服務(wù)器上下載code-server并安裝吉挣。 第二步: 在服務(wù)器上運(yùn)行code-server 除了在https://github....
-
HOMER中findMotifGenome.pl中碰到的兩個(gè)小錯(cuò)誤
我有時(shí)候會(huì)對(duì)DIffBind的輸出結(jié)果進(jìn)行下修改，然后放到HOMER里面去找motif婉弹。但我有個(gè)不太好的一點(diǎn)就是睬魂，每次都不記我的awk操作，導(dǎo)致我每次都得重新輸一遍awk镀赌。于...
-
count normalization的代碼
在前面的count normalization的方法部分氯哮，我初步介紹了一些常見(jiàn)的count normalization的方法，這部分我會(huì)寫出對(duì)應(yīng)的代碼商佛。用的數(shù)據(jù)集是我自己的一...
-
多虧了劉博??
R_for_Data_Science_transform相關(guān)的題目
感謝劉博出了一些針對(duì)R for data science_dplyr部分的題目喉钢。我稍微對(duì)劉博的題目做了改動(dòng)，并做了對(duì)應(yīng)解答良姆。 不一定對(duì)╮（╯＿╰）╭ 題目一 還是上一章節(jié)的 ...
-
有好幾組處理和對(duì)照在的時(shí)候應(yīng)該會(huì)很方便
我可能是最后一個(gè)知道IGV也可以overlap Track的
之前一直非常眼饞Gviz的這個(gè)overlay功能肠虽。 因?yàn)槲覀冏鯟hIP-Seq的時(shí)候，會(huì)有IP和Input玛追。盡管我們可以在發(fā)文章的時(shí)候税课，在IGV上只放IP，但放上input會(huì)...
-
我可能是最后一個(gè)知道IGV也可以overlap Track的
之前一直非常眼饞Gviz的這個(gè)overlay功能痊剖。 因?yàn)槲覀冏鯟hIP-Seq的時(shí)候韩玩，會(huì)有IP和Input。盡管我們可以在發(fā)文章的時(shí)候陆馁，在IGV上只放IP找颓，但放上input會(huì)...
-
陳熹叮雳，中山大學(xué)中山眼科中心醫(yī)學(xué)博士<br><br>中軟總公司計(jì)算機(jī)培訓(xùn)中心Python簽約講師<br><br>微信公眾號(hào) “早起Python” 專欄作者<br><br>愛(ài)好Python R語(yǔ)言 SQL理論及應(yīng)用<br><br>辦公自動(dòng)化 / 生物信息 / 數(shù)據(jù)分析 / 網(wǎng)絡(luò)爬蟲(chóng)<br><br>Email：chenx6542@foxmail.com
-
[Python] 自動(dòng)化辦公 PDF合并轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明：陳熹 chenx6542@foxmail.com （簡(jiǎn)書(shū)號(hào)：半為花間酒）若公眾號(hào)內(nèi)轉(zhuǎn)載請(qǐng)聯(lián)系公眾號(hào)：早起Python 今天介紹一個(gè)PDF實(shí)用的學(xué)習(xí)辦公腳本： 多個(gè)...
-
的確挺有用的??
R_for_Data_Science_Tibble&Import
這是英文版的第9、10妇汗、11章 第9章是Introduction帘不，沒(méi)啥好講的第11章import部分我一點(diǎn)都不熟，也沒(méi)啥好講的…… 10.2 Creating tibbles...
-
R_for_Data_Science_Tibble&Import
這是英文版的第9杨箭、10寞焙、11章 第9章是Introduction，沒(méi)啥好講的第11章import部分我一點(diǎn)都不熟，也沒(méi)啥好講的…… 10.2 Creating tibbles...
-
??文抄公而已
count normalization的方法
count normalization的方法 這應(yīng)該會(huì)是一個(gè)小系列捣郊，我會(huì)簡(jiǎn)單介紹下現(xiàn)在的一些count normaliztion的方法辽狈，以及對(duì)應(yīng)的代碼解釋、思考呛牲，從而最后得出...
-
count normalization的方法
count normalization的方法 這應(yīng)該會(huì)是一個(gè)小系列刮萌，我會(huì)簡(jiǎn)單介紹下現(xiàn)在的一些count normaliztion的方法，以及對(duì)應(yīng)的代碼解釋娘扩、思考着茸，從而最后得出...
-
??感謝老哥捧場(chǎng)
R_for_Data_Science_Script&EDA&projects
這是英文版的第6,7,8章 6 Workflow: scripts 這章節(jié)其實(shí)沒(méi)啥可說(shuō)的，只是想起一篇文章琐旁，其中有一些小tips# 看了你安裝的包installed.pack...
-
R_for_Data_Science_Script&EDA&projects這是英文版的第6,7,8章 6 Workflow: scripts 這章節(jié)其實(shí)沒(méi)啥可說(shuō)的涮阔，只是想起一篇文章，其中有一些小tips# 看了你安裝的包installed.pack...
