day9-1 單細(xì)胞數(shù)據(jù)的二次分群 1.背景 Seurat里的FindClusters函數(shù)設(shè)置的resolution數(shù)值越大咪惠，分群的數(shù)量就越多喜最，但是當(dāng)單細(xì)胞數(shù)量太多的時(shí)候，會...
IP屬地：四川
-
day9-1 單細(xì)胞數(shù)據(jù)的二次分群 -
單細(xì)胞Day8-2-多樣本擬時(shí)序1.導(dǎo)入數(shù)據(jù) 類似單樣本，輸入數(shù)據(jù)是seurat做完降維聚類分群注釋的數(shù)據(jù) 但是table的時(shí)候每種細(xì)胞數(shù)目不一樣 但是每個樣本的細(xì)胞數(shù)和metadata是一樣的 UMAP長...
-
單細(xì)胞Day8-1-單樣本擬時(shí)序1.定義 做擬時(shí)序分析是為了探索自己感興趣的幾種細(xì)胞之間的發(fā)育關(guān)系柴墩，一般不是用全部類型的細(xì)胞來做的隧魄。以下是進(jìn)行擬時(shí)序分析的幾個主要目的：細(xì)胞狀態(tài)推斷藻糖、細(xì)胞軌跡追蹤茫孔、細(xì)胞命運(yùn)預(yù)...
-
單細(xì)胞Day7-多樣本數(shù)據(jù)-25.細(xì)胞類型注釋 多樣本的注釋和單樣本的是一樣的。用的之前的自動注釋 6.分組可視化及組間細(xì)胞比例比較 示例中：54 55 56是實(shí)驗(yàn)組被芳，57 58 59是對照如果看不到缰贝，需...
-
單細(xì)胞Day7-多樣本數(shù)據(jù)-11.下載并整理數(shù)據(jù) 演示數(shù)據(jù)：GSE231920，3個treat+3個control 1.1字符串處理的函數(shù) stringr包里的函數(shù)：str_sub()：用于從字符串中提取...
-
單細(xì)胞Day6-marker基因和注釋1.加載數(shù)據(jù) 直接加載之前的obj.Rdata 2.計(jì)算makergene 和差異基因里面的上調(diào)基因有點(diǎn)類似畔濒，某個基因在某一簇細(xì)胞里表達(dá)量都很高剩晴，在其他簇表達(dá)量很低，那么這個...
-
單細(xì)胞Day5-單細(xì)胞單樣本數(shù)據(jù)的處理1.下載和整理數(shù)據(jù) 示例https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE231920[https://www.nc...
-
單細(xì)胞Day41.批量安裝包 1.1 require和library 區(qū)別：（1）library 會在包沒有安裝時(shí)拋出錯誤侵状，終止執(zhí)行赞弥。require 會在包沒有安裝時(shí)返回 FALSE，允許...
-
R繪圖|pheatmap熱圖繪制——高階篇
繪圖場景：在高通量檢測數(shù)據(jù)中趣兄，我們在數(shù)據(jù)展示上往往都喜歡將感興趣的功能或者通路基因繪制成熱圖形式绽左，能夠讓讀者一目了然的發(fā)現(xiàn)某功能是增強(qiáng)了？還是減弱了艇潭？在實(shí)際過程中拼窥，表型實(shí)驗(yàn)上...
-
廈大本科改含，清華生科院博士生在讀，對表觀遺傳伐割，計(jì)算生物學(xué)候味，發(fā)育生物學(xué)領(lǐng)域感興趣
-
@好記性And爛筆頭 同問，請問小伙伴找到了嗎
基因突變檢測之Mutect2
寫在前面的話 今天是2021年1月3號隔心，年底一番瞎忙活白群，停更了好長一段時(shí)間的簡書。人生中有個很重要伯樂導(dǎo)師告訴我硬霍，在這個事多的工作環(huán)境下帜慢，沒人愿意看你太多的廢話。直奔重點(diǎn)才是...
-
R語言里面的apply()家族簡述這個教程目的在于介紹apply()家族在R語言的用法卵沉，apply()函數(shù)算是R語言里面很基礎(chǔ)的一個函數(shù)颠锉，同時(shí)還有sapply()、lapply()史汗、tapply()函數(shù)精簡了...
-
-
-
數(shù)量性狀遺傳性狀分類 質(zhì)量性狀（qualitative trait）表型之間截然不同瓷蛙，具有質(zhì)的差別，用文字描述的性狀戈毒，在群體中呈間斷分布艰猬。如豌豆花色，籽粒是否飽滿埋市。也叫簡單性狀姥宝。復(fù)雜性狀...
