R內(nèi)置基本配色 R自帶的grDevices包含有以下調(diào)色板： R中色彩相關(guān)的函數(shù) 使用RColorBrewer包配色 使用colorRampPalette()函數(shù)可以擴(kuò)展顏色...
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LD連鎖不平衡--PopLDdecay在群體遺傳學(xué)分析中，我們經(jīng)常會碰到關(guān)于連鎖不平衡的問題粘我，當(dāng)然計算連鎖不平衡的軟件有很多傅物，包括plink2、haploview等来涨，今天在這里給大家分享一個計算連鎖不平衡的軟件-...
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CellRanger使用學(xué)習(xí)
本文參考多篇簡書教程（請查看本文最后的參考資料） 安裝 可查看10xgenomics官網(wǎng)安裝教程 下載參考基因組數(shù)據(jù) 可直接下載10xgenomics官網(wǎng)提供的已構(gòu)建好的索引...
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環(huán)境配置筆記12-解決SeuratData包InstallData()無法安裝數(shù)據(jù)集
近期Seurat官網(wǎng)國內(nèi)上不去濒蒋，因此在服務(wù)器上也無法使用SeuratData包的InstallData()函數(shù)嗤练，有以下報錯： 因此使用自己的電腦在RStudio中下載數(shù)據(jù)集扇调，...
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不存在叫‘BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38’這個名字的程輯包
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38是生信技能樹TCGA課程中講到的需要使用的一個R包矿咕，所以我裝了一個，發(fā)現(xiàn)這個包十分不好安裝狼钮，現(xiàn)記錄過程如下碳柱，方便后續(xù)使用...
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seurat-SCTransform()解析-01satijalabsctransform包的github網(wǎng)址：https://github.com/ChristophH/sctransform[https://github...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析||Seurat并行策略隨著單細(xì)胞技術(shù)的成熟，單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析往往不再是單個組織樣本熬芜，這有時候在計算（資源與時間）上是一個挑戰(zhàn)莲镣。為此，Seurat也提供了可以探索的并行策略涎拉。鑒于入門單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的同...
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2021-05-26 單細(xì)胞分析之harmony與Seurat參考：生信會客廳 harmony原理 Harmony需要輸入低維空間的坐標(biāo)值（embedding）剥悟，一般使用PCA的降維結(jié)果。Harmony導(dǎo)入PCA的降維數(shù)據(jù)后曼库，會采用so...
