最近學(xué)習(xí)了生信菜鳥(niǎo)團(tuán)的純R代碼實(shí)現(xiàn)ssGSEA算法評(píng)估腫瘤免疫浸潤(rùn)程度,想復(fù)制作者的流程，但是發(fā)現(xiàn)了幾個(gè)不一樣的地方彰居，所以重新整理流程，代碼主要來(lái)自原作者Juan_NF构回。 文...
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復(fù)現(xiàn)：純R代碼實(shí)現(xiàn)ssGSEA算法評(píng)估腫瘤免疫浸潤(rùn)程度 -
TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選，多因素cox建模，時(shí)間依賴ROC曲線及KM plot可視化）測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
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GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載及提取gene①下載TXT文件和平臺(tái)文件 若數(shù)據(jù)平臺(tái)文件無(wú)gene symbol 和探針序列or GBlist纤掸，則無(wú)法注釋脐供。 ②ID轉(zhuǎn)換 1.平臺(tái)文件有g(shù)ene symbol 平臺(tái)文件改名...
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TCGA轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)及臨床數(shù)據(jù)下載及整理一借跪、TCGA轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)下載及整理 ①進(jìn)去先看cart是否為空政己，沒(méi)有要清空。 ②下載轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù) 基因表達(dá)量包括LncRNA和mRNA掏愁，用矯正后的FPKM下載3個(gè)文件 ③下載數(shù)據(jù)...
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14.GO富集分析R語(yǔ)言代碼及5種圖的繪制一歇由、舉例回顧 本節(jié)使用GSE1009數(shù)據(jù)集，已經(jīng)用limma包對(duì)數(shù)據(jù)集中的樣本進(jìn)行差異分析果港，現(xiàn)對(duì)差異基因(DEGs)做GO富集分析沦泌。 GSE1009數(shù)據(jù)集介紹： 樣本量：共6...
