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基因家族鑒定流程（二） 用blast、mmseqs醒陆、diamond瀑构、hmmer搜索同源蛋白本文章將介紹 ①類(lèi)blast軟件blast、mmseqs刨摩、diamond寺晌、hmmer的比較 ②blast、mmseqs澡刹、diamond呻征、hmme...
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機(jī)器學(xué)習(xí)-有監(jiān)督學(xué)習(xí)-分類(lèi)算法-K最近鄰法(KNN)-原理、Python和R應(yīng)用基本原理 首先放一張各大網(wǎng)站用爛的圖 KNN的基本思想是比較簡(jiǎn)單的罢浇，就是假設(shè)我們有紅色和藍(lán)色得到數(shù)據(jù)點(diǎn)陆赋，然后我們新加入一個(gè)綠色點(diǎn)边篮，根據(jù)綠色點(diǎn)最近...
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機(jī)器學(xué)習(xí)-無(wú)監(jiān)督學(xué)習(xí)-主成分分析(PCA)-數(shù)學(xué)原理、應(yīng)用以及Python和R實(shí)現(xiàn)數(shù)學(xué)原理簡(jiǎn)要說(shuō)明 基本原理 PCA所做的事情實(shí)際上是將多維的數(shù)據(jù)降維到一個(gè)更低的維度奏甫，但同時(shí)保證數(shù)據(jù)之間盡可能的分開(kāi)，而衡量這個(gè)分散程度的標(biāo)準(zhǔn)就...
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根據(jù)Knumbers注釋爬取KEGG對(duì)應(yīng)KO號(hào)和pathway name
背景 手頭有KEGG對(duì)應(yīng)各個(gè)基因的注釋文件（注釋可以參考KAAS注釋流程)凌受，但沒(méi)有對(duì)應(yīng)的KO號(hào)阵子，需要得到相應(yīng)的KO號(hào)做富集分析 Python s...
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Genomic Data Science- JHU Course 4 Algorithm for DNA Sequencing 筆記Introduction 此課程是Coursera上，John Hopkins University 的 Genomic Data Scienc...
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Genomic Data Science- JHU Course 2 Genomic Data Science with Galaxy 筆記Introduction Galaxy是一個(gè)公開(kāi)的基因組學(xué)分析平臺(tái)胜蛉，包含了一系列流程化分析工具挠进，針對(duì)質(zhì)控、組裝誊册、注釋以及包括Chip-seq领突、R...
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Genomic Data Science- JHU Course 1 Introduction to Genomic Technologies 筆記課程頁(yè)面 右上角是我google賬戶名稱(chēng) 地址： 這個(gè)第一個(gè)課，Data Science那邊可以著重了解下案怯，其他沒(méi)什么太大的重要性君旦。 順便說(shuō)下，...
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Hyphy嘲碱，不亞于Paml的選擇壓力分析的優(yōu)秀軟件金砍，使用指北
近幾年來(lái)，Hyphy的使用人數(shù)越來(lái)越來(lái)多麦锯，雖然不及paml恕稠，但這款軟件的一些優(yōu)秀特性使得它值得受到使用和關(guān)注。首先相比paml扶欣，hyphy有以下...
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寫(xiě)個(gè)zsh腳本(主要是awk)合并gff艰毒，去除gff中的重疊區(qū)域
問(wèn)題背景 大致是這樣藏澳，假如你用一堆注釋軟件然后用不同物種得到了一堆不同的gff，那這些gff肯定是有重疊的，對(duì)于注釋信息gff來(lái)說(shuō)只需要保留ge...