Cell 深度| 一套普遍適用于各類單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)集的錨定整合方案 這篇文章說(shuō)的不是別人像捶，正是Seurat本尊惠况。它正在打破自我的標(biāo)簽位仁，只能做單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組枫吧？只能做CCA尋找共有...
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Seurat 沒(méi)你想的那么簡(jiǎn)單||Comprehensive integration of single cell data -
Cytoscape繪制相關(guān)網(wǎng)絡(luò)圖導(dǎo)讀 用R軟件corr.test函數(shù)進(jìn)行兩組數(shù)組的相關(guān)性分析花嘶，用Cytoscape繪制相關(guān)網(wǎng)絡(luò)圖泣特。 一勋桶、輸入數(shù)據(jù) 代謝數(shù)據(jù)：metabo.txt 16S數(shù)據(jù)：genus.tx...
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R - 相關(guān)性分析相關(guān)性分析用于評(píng)估兩個(gè)或多個(gè)變量之間的關(guān)聯(lián)性基显。 1. 兩個(gè)變量的相關(guān)性分析 參數(shù)相關(guān)性檢驗(yàn)( parametric correlation ) 皮爾森相關(guān)性分析是一種參數(shù)相關(guān)...
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你的基因名被EXCEL自動(dòng)轉(zhuǎn)換成數(shù)字了嗎蘸吓？
1.充滿惡意的Excel自動(dòng)轉(zhuǎn)換 做基因組學(xué)分析時(shí)發(fā)現(xiàn)，在默認(rèn)設(shè)置下將數(shù)據(jù)導(dǎo)入Microsoft Excel后撩幽，部分基因名會(huì)自動(dòng)轉(zhuǎn)換為日期或浮點(diǎn)1库继。2016年發(fā)表于Genom...
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RNA-seq練習(xí) 第二部分（基因組序列下載箩艺，注釋文件下載，索引下載宪萄，比對(duì)艺谆，比對(duì)質(zhì)控,HTseq-count計(jì)數(shù)，輸出count矩陣文件）參考基因組下載有三大全文網(wǎng)站提供參考基因組下載拜英，它們分別是：1.NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC (http://h...
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轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)六（reads計(jì)數(shù)與標(biāo)準(zhǔn)化）
轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一（軟件安裝） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)二（數(shù)據(jù)下載） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)三（數(shù)據(jù)質(zhì)控） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)五（reads的比對(duì)與samtoo...
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RNA-seq(6): reads計(jì)數(shù)静汤，合并矩陣并進(jìn)行注釋任務(wù) 1.實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能的軟件也很多，還是煩請(qǐng)大家先自己搜索幾個(gè)教程居凶，入門請(qǐng)統(tǒng)一用htseq-count撒妈，對(duì)每個(gè)樣本都會(huì)輸出一個(gè)表達(dá)量文件。2.需要用腳本合并所有的樣本為表達(dá)矩...
