bedtools intersect可以對兩個基因組特征 (genomic features) 進(jìn)行overlap冗尤，找到兩者重合的區(qū)域憨琳。比如求兩個peaks的交集，或者看很多...
發(fā)簡信
IP屬地：天津
-
bedtools intersect用法 (intersectBed) -
R語言機(jī)器學(xué)習(xí)-caret介紹 caret包（Classification and Regression Training）是一系列函數(shù)的集合着饥，它試圖對創(chuàng)建預(yù)測模型的過程進(jìn)行流程化。本系列將就數(shù)據(jù)預(yù)處...
-
ChIP-seq數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)訓(xùn)練（三）ChIP-seq數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)訓(xùn)練（三） 六、合并bam文件 在進(jìn)行peaks calling的時候，需要把bam進(jìn)行合并呵恢。 得到全新的bam文件如下： 假如需要去除PCR重...
-
生信學(xué)習(xí)第一篇-Fastqc分析簡略版二代測序數(shù)據(jù)評估軟件： FastQC 測序質(zhì)量分析： 包含多項內(nèi)容，如測序reads堿基質(zhì)量圾结、GC含量瑰剃、reads長度、k-mer分布 Basic Statics中統(tǒng)計了測序...
-
生信文件格式一文就夠fasta格式是最基本的表示序列信息的格式筝野。是一種文本格式，一般以后綴.fa或者.fasta 主要由兩部分組成： 第一部分 以>符號開頭粤剧，定義行=序列的名稱或者標(biāo)識（gi|1...
-
ChIP-seq數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)訓(xùn)練（一）ChIP-seq數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)訓(xùn)練（一） 一歇竟、安裝軟件（conda） 二、下載數(shù)據(jù) 參考文獻(xiàn) Brookes, E. et al. Polycomb associates ge...
-
ChIP-seq數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)訓(xùn)練（二）
ChIP-seq數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)訓(xùn)練（二） 四抵恋、過濾 raw data -> fastqc 使用trim_galore軟件進(jìn)行質(zhì)控焕议，過濾 過濾后的文件如下： clean data...
-
CellRanger使用學(xué)習(xí)
本文參考多篇簡書教程（請查看本文最后的參考資料） 安裝 可查看10xgenomics官網(wǎng)安裝教程 下載參考基因組數(shù)據(jù) 可直接下載10xgenomics官網(wǎng)提供的已構(gòu)建好的索引...
-
R包DropletUtils使用bioconductor-DropletUtils使用教程：Utilities for handling droplet-based single-cell RNA-seq ...
