您好憋他,為什么vcftools計(jì)算出來的Fst會(huì)存在負(fù)值宿崭?我自己在計(jì)算時(shí)發(fā)現(xiàn)會(huì)存在這樣的位點(diǎn)亲铡,我看您展示的單個(gè)位點(diǎn)的Fst散點(diǎn)圖中也有這樣的情況…… 請(qǐng)問知道是什么原因么?
Fst的計(jì)算原理與實(shí)戰(zhàn)概念回顧 Fst:群體間遺傳分化指數(shù)葡兑,是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法奖蔓,分化指數(shù)越大,差異越大讹堤。適用于亞群體間多樣性的比較吆鹤。 用于衡量種群分化程度,取值從0到1蜕劝,為0則認(rèn)為...
我也遇到過這個(gè)問題檀头,最后發(fā)現(xiàn)是版本的問題,安裝的舊版本中就沒有這個(gè)選項(xiàng)岖沛,只有--normalizeUsingRPKM暑始,更新到最新版就可以使用啦~
deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python開發(fā)的工具,適用于有效處理分析高通量測(cè)序數(shù)據(jù)婴削,可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq廊镜。 #1. deepT...