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小潤澤

GSEA背后的統(tǒng)計學(xué)原理
GSEA簡介基因集富集分析（GSEA）是一種計算方法，可確定先驗定義的基因集是否在統(tǒng)計上顯示兩種生物學(xué)狀態(tài)之間存在顯著一致的差異。來自官網(wǎng)：GSEA[https://www...

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wonphen

93-非監(jiān)督學(xué)習(xí)之PCA線性降維
為何要降維隶垮？方便可視化探索曾我；減輕維度詛咒轻姿；緩解共線性诚撵。降維方法：PCA, t-SNE, UMAP, SOM, LLE 1牺六、主成分分析PCA 主成分分析（Principal C...

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生信學(xué)習(xí)者2

R可視化：'patchwork:合并多個R圖的包'
'patchwork:合并多個R圖的包' patchwork是基于gglot2的拼圖包材诽，它使得基于ggplot2的圖形更容易拼接在同一個圖層底挫。安裝因為作者僅僅在GitHu...

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安哥生個信

ggplot2 通過變量傳遞參數(shù)內(nèi)容
R里面有很多工具包，接收的數(shù)據(jù)不能直接處理字符串像ggplot2脸侥， ggplot(data, aes(x=AAA))建邓，這個的AAA必須是data中的表頭。如果你自己提前定義q...

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xuzhougeng

MECAT2: 三代高效組裝工具
MECAT2是三代測序數(shù)據(jù)PacBio的高效組裝工具睁枕，是之前MECAT的改進版, 修復(fù)了之前的很多bug, 使用基于string graph的fsa替換了之前的mecat2c...

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生信石頭

愚見 | 解讀文稿 Front. Genet. 大白菜富甘氨酸蛋白基因家族分析
寫在前面 Emmmm，慢慢地發(fā)現(xiàn)越來越多 TBtools 用戶朋友發(fā)表的論文外遇。農(nóng)學(xué)的注簿，醫(yī)學(xué)的，大田的跳仿，分子的诡渴，濕實驗的，數(shù)據(jù)分析的.... 我可能跟大家有所不同菲语，看到有朋友文...

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UnderStorm

RNA-seq中的那些統(tǒng)計學(xué)問題（一）為什么是負二項分布山上？
1. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)統(tǒng)計推斷的難題在RNA-seq中進行兩組間的差異分析是最正常不過的了恩袱。我們在其它實驗中同樣會遇到類似的分析，通常胶哲，我們可以用方差分析判定兩組“分布”數(shù)據(jù)間...

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生物信息與育種

[R] 如何快速生成許多差異明顯的顏色？
這個需求真的太常見了澈吨！注意問題強調(diào)的幾個關(guān)鍵詞：一是快速把敢，二是大量，三是差異明顯谅辣。在生成大量元素比較圖時要明顯區(qū)分不同樣本，比如宏基因組中的物種分析：方法一：自定義自定義...

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