Wei_Sun

在R中進行整理，pmap格式在下面帖子中有詳細(xì)介紹趋惨。第一列為SNP的ID，第二列為chr惦蚊，第三列為SNP的位置器虾，第四列開始為每個性狀的SNP的P值。9.3 GWAS：關(guān)聯(lián)分析...

rapunzel0103

最近跑通了一遍GWAS分析千扔，全程在linux操作库正，雖然具體還有好多需要微調(diào)的地方曲楚，先把代碼整理分享出來mark一下 前期準(zhǔn)備 1.理論知識 強烈推薦百邁客云課堂課程GWAS生...

rapunzel0103

之前給大家大致介紹了GWAS在臨床生信分析中的概況载迄，包括一些基本概念护昧，原理和注意事項（出門左手邊—>臨床生物信息學(xué)中的GWAS分析）粗截，這次具體講講GWAS基本分析內(nèi)容及結(jié)果解...

zd200572

不同于分類和回歸灭美，聚類不需要事先的任何參考分類信息昂利，可以簡單地通過判斷數(shù)據(jù)特征的相似性來完成對數(shù)據(jù)的歸類。 層次聚類不需要事先指定族的個數(shù)犁苏，以系統(tǒng)樹的形式展現(xiàn)。 k均值聚類扁...

R語言與SPSS學(xué)習(xí)筆記

不知道大家有沒有印象，其實關(guān)于調(diào)整ggplot2圖形背景，圖例咐汞，XY軸范圍及標(biāo)簽等的問題在我們往期公眾號有推文介紹過，但是以前給大家介紹的是利用ggThemeAssist 包...

Zhigang_Han

1、GWAS 流程 image.png數(shù)據(jù)質(zhì)控? 1）按分型百分比條件過濾掠手，多數(shù)文章剔除缺失率在20%以上的位點憾朴，樣本量較大的群體中，可以將缺失率小于50%的位點都保留喷鸽；? ...

Wei_Sun

EMMAX是關(guān)聯(lián)分析速度提升的一個代表性算法, 已廣泛應(yīng)用于棉花做祝、大豆和水稻等的復(fù)雜性狀關(guān)聯(lián)分析。EMMAX認(rèn)為混槐，每一個SNP對復(fù)雜性狀的解釋率都很低编兄，每個組件的方差在運算中...

SnowPye

這里介紹的SNP數(shù)據(jù)與單一表型的相關(guān)分析流程 一狠鸳、準(zhǔn)備plink文件 ped和map文件轉(zhuǎn)換為bed捌刮、fam、bim mydata為ped和map的文件名绅作，不需要加后綴mak...

Akuooo

y一、認(rèn)識文件名 五大格式文件：ped&mapbed&fam&bim 各自存儲何種數(shù)據(jù) 五種格式 ①ped（pedigree俄认，家系）：包含樣本的譜系信息和基因型信息洪乍，必須與f...