生信成長(zhǎng)日記

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記錄運(yùn)行scvelo過程中的報(bào)錯(cuò)
TypeError: Neighbors.compute_neighbors() got an unexpected keyword argum...

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Github 2FA驗(yàn)證
最近在登陸github的時(shí)候，總是跳出下面這個(gè)界面：強(qiáng)制要求2FA驗(yàn)證糙臼，否則上不了github凯亮。驗(yàn)證方式可以有以下幾種：比較坑的一點(diǎn)是，gi...

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收集細(xì)胞注釋marker（持續(xù)更新）
"Myeloid": ["PTPRC", "CD68", "CD14", "CSF1R", "CD163", "LYZ"],"T cells":...

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pySCENIC下游可視化（python版本）
Python版SCENIC轉(zhuǎn)錄因子分析（四）一文就夠了-騰訊云開發(fā)者社區(qū)-騰訊云 (tencent.com)[https://cloud.ten...

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pySCENIC使用--代碼純享版
我這里的scRNA-seq前期是用scanpy做的磷斧，所以首先用scanpy把pySCENIC需要的信息導(dǎo)出來。接下來用pySCENIC進(jìn)行轉(zhuǎn)錄...

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monocle2的使用
monocle2和monocle3的基本原理是一樣的，詳見monocle3系列之七：總結(jié) - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[https://...

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R包的安裝方法都總結(jié)在這兒了弛饭！
在線安裝 1）CRAN的包 R的官方包倉(cāng)庫(kù)（Comprehensive R Archive Network, CRAN）提供了大量的開源R包冕末，使...

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monocle3系列之七：總結(jié)
monocle3系列之六：共調(diào)控基因模塊 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[http://www.reibang.com/p/ca5028...

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monocle3系列之六：共調(diào)控基因模塊
一旦找到了感興趣的差異基因，Monocle可以將它們分組為module侣颂。通過調(diào)用find_gene_modules()函數(shù)档桃，在基因（而不是細(xì)胞）...

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