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發(fā)簡信
IP屬地：上海
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記錄運行scvelo過程中的報錯TypeError: Neighbors.compute_neighbors() got an unexpected keyword argument 'write_knn_...
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使用scVelo進行RNA velocity分析-01scVelo于2020年發(fā)表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]驾中，...
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Github 2FA驗證最近在登陸github的時候唉堪，總是跳出下面這個界面： 強制要求2FA驗證，否則上不了github肩民。驗證方式可以有以下幾種： 比較坑的一點是唠亚，github并沒有提供中國區(qū)的短信...
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收集細胞注釋marker（持續(xù)更新）
"Myeloid": ["PTPRC", "CD68", "CD14", "CSF1R", "CD163", "LYZ"],"T cells": ["CD3D", "CD3E...
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scanpy官方教程2022||03-scanpy包核心繪圖功能學習資料來源：scanpy主頁：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...
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pySCENIC下游可視化（python版本）
Python版SCENIC轉錄因子分析（四）一文就夠了-騰訊云開發(fā)者社區(qū)-騰訊云 (tencent.com)[https://cloud.tencent.com/develo...
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pySCENIC使用--代碼純享版
我這里的scRNA-seq前期是用scanpy做的，所以首先用scanpy把pySCENIC需要的信息導出來持痰。 接下來用pySCENIC進行轉錄因子分析灶搜。
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monocle2的使用monocle2和monocle3的基本原理是一樣的，詳見monocle3系列之七：總結 - 簡書 (jianshu.com)[http://www.reibang.com...
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R包的安裝方法都總結在這兒了工窍！
在線安裝 1）CRAN的包 R的官方包倉庫（Comprehensive R Archive Network, CRAN）提供了大量的開源R包割卖，使用install.packag...
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monocle3系列之七：總結
monocle3系列之六：共調控基因模塊 - 簡書 (jianshu.com)[http://www.reibang.com/p/ca50288a8684]monocle3...
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monocle3系列之六：共調控基因模塊一旦找到了感興趣的差異基因，Monocle可以將它們分組為module患雏。通過調用find_gene_modules()函數(shù)鹏溯，在基因（而不是細胞）上運行UMAP，然后使用Lou...
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monocle3系列之五：差異基因分析
monocle中有兩種差異分析模型： Regression analysis: using fit_models(), you can evaluate whether ea...
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monocle3系列之四：構建軌跡
在發(fā)育過程中淹仑、對刺激的反應以及整個生命過程中丙挽，細胞會從一種功能狀態(tài)轉變?yōu)榱硪环N狀態(tài)肺孵。處于不同狀態(tài)的細胞表達不同的基因組，產(chǎn)生動態(tài)的蛋白質和代謝物庫以完成其功能颜阐。當細胞在狀態(tài)之...
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monocle3系列之三：聚類這里使用官方提供的示例數(shù)據(jù)進行繼續(xù)講解平窘，首先載入所需要的數(shù)據(jù)： 1）數(shù)據(jù)預處理 這一步的目的主要是對數(shù)據(jù)標準化和去除批次效應。 如果你不確定num_dim填多少瞬浓，可以先畫個圖...
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monocle3系列之二：數(shù)據(jù)載入
monocle3能實現(xiàn)的功能主要包括3個： Clustering, classifying, and counting cells. Constructing single-...
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monocle3系列之一：安裝
monocle3仍然處于開發(fā)中初婆，使用時會有諸多bug，相對而言猿棉，monocle2更穩(wěn)定磅叛，但是速度慢，不適合大數(shù)據(jù)萨赁。本文先講講monocle3的安裝弊琴，直接參考的是官網(wǎng)：Mono...
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monocle3運行報錯：Error in function 'as_cholmod_sparse' not provided by package 'Matrix'
用monocle3進行軌跡分析時，運行以下代碼： 出現(xiàn)以下報錯： Error in function 'as_cholmod_sparse' not provided by ...
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python中輸入字符串 "hallmark" 獲取名為 hallmark 的變量
事情是這樣的杖爽，我在用decoupler做功能富集分析的時候敲董，首先通過以下代碼獲得hallmark和go_bp通路，變量hallmark和go_bp都是dataframe： 接...