1.在任意文件夾下面創(chuàng)建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夾系列。 2.在創(chuàng)建好的文件夾下面，比如我是/Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/...
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linux20道練習(xí)題 -
GATK-變異流程2
上次我們整理到bwa比對后得到bam文件，下一步我們要通過GATK流程從bam文件中call variant。 一沛硅、使用GATK前須知事項(xiàng)： 對GATK的測試主要使用的是人類...
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自己構(gòu)建物種包OrgDb呕臂，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析時(shí)朗儒，發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上沒有物種包OrgDb拾稳，利用網(wǎng)上教程構(gòu)建了一個(gè)吮炕。主要參考了劉小澤的簡書，特別感謝一下７玫谩Ａ住！ emapper首先得到注釋...
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測序了震鹉，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析劉小澤寫于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析俱笛，就需要知道每個(gè)基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類，OrgDb就是存儲不同數(shù)據(jù)庫基因ID之間對應(yīng)關(guān)系传趾，以及基因與G...
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根據(jù)自己構(gòu)建的orgDb進(jìn)行GO分析1. 在Rstiduo中安裝自己的orgDb包 2. 載入R包并大致查看一下R包的內(nèi)容 可用keys（）命令查看一下這個(gè)包大致有哪些genes迎膜。 可用select（）命令查一...
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構(gòu)建自己物種的orgDb
1.首先安裝eggnog-mapper軟件 注釋所需要的物種數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址如下，同時(shí)也可以用里面的腳本download_eggnog_data.py下載你所需要的數(shù)據(jù)庫： egg...
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怎么將AgriGO得到的GO ID名稱格式一對多轉(zhuǎn)換成一對一
原始數(shù)據(jù)是這樣的 我要轉(zhuǎn)換成如下的格式 只會的一條路轉(zhuǎn) 在看完 《 R for data science》后的方法記錄浆兰，來源于`章節(jié) 19`` 第三種
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