基因組注釋包括下面內(nèi)容：
- 重復(fù)序列注釋
- 編碼基因預(yù)測
- 非編碼RNA預(yù)測
- 假基因預(yù)測
- 基因功能注釋
重復(fù)序列鑒定：http://www.reibang.com/p/f7c0115e1d89?utm_campaign=maleskine&utm_content=note&utm_medium=seo_notes&utm_source=recommendation
基因組重復(fù)序列注釋：http://www.reibang.com/p/76dbf3e0a5fb?utm_campaign=shakespeare
LTR_retriever:鑒定LTR-RTs,同時可以計算LAI值愧旦。 http://www.reibang.com/p/f962d5c40fdf
文獻(xiàn)：植物基因組分析套路http://www.reibang.com/p/0a14d971bd0a
使用DupGen_finder github識別重復(fù)的基因：WGD玄叠，TD雀瓢，PD垛玻，TRD和DSD
WGD：全基因組復(fù)制
TD：串聯(lián)重復(fù)（相鄰的兩個重復(fù)基因）tandem duplication
PD：近端重復(fù)（相隔10個以內(nèi)基因的重復(fù)基因）proximal duplication
TRD：轉(zhuǎn)置重復(fù)（祖先和新基因座組成的重復(fù)基因）transposed duplication
DSD：分散重復(fù)（不相鄰也不共線性的重復(fù)基因）dispersed duplication
SL：單拷貝
DupGen_finder 使用教程 http://www.reibang.com/p/a3a39b2f341b
LTR_retriever:鑒定LTR-RTs,同時可以計算LAI值 使用教程
重復(fù)序列的分類：分別是串聯(lián)重復(fù)序列（Tandem repeat）與散置重復(fù)序列（Interspersed repeat）
