研究方向：基因組學(xué)拒秘、轉(zhuǎn)錄組學(xué)港华、遺傳學(xué)<br>邊做邊分享露筒，超不定期更新
IP屬地：云南
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基因組瀏覽器挡逼、BAM文件可視化工具（1）--- Tablet在高通量測序數(shù)據(jù)的處理中（例如从祝，在重測序研究续语、組裝結(jié)果的re-mapping校正中）垂谢，我們經(jīng)常會將測序reads與參考序列進(jìn)行比對（常見的如BWA、Bowtie等工具）疮茄，并將...
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ROH分析流程及各種參數(shù)的選取1前言 ROH參數(shù)的設(shè)置越看越復(fù)雜《How to study runs of homozygosity using PLINK? A guide for analyzing ...
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ROH力试、近交系數(shù)徙邻、親緣系數(shù)、IBD畸裳、IBS連續(xù)純合片段（runs of homozygosity, ROH）是親代將同源相同的單倍型傳遞給子代而形成的缰犁，基于ROH計(jì)算的基因組近交系數(shù)是個(gè)體真實(shí)的近交系數(shù)，它比傳統(tǒng)系譜...
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ROH分析及熱點(diǎn)區(qū)域計(jì)算0寫在前面 腳本方面充斥著CHATGPT颇象，復(fù)制粘貼。盡管每個(gè)步驟都實(shí)際運(yùn)行過并徘，但因?yàn)槭且贿厡?shí)驗(yàn)一邊寫遣钳，難免存在錯(cuò)誤各種排版，細(xì)節(jié)問題懶得細(xì)摳了這篇文章又被鎖定了 1.文件處理...
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動(dòng)植物重測序--全基因組關(guān)聯(lián)分析GWASGWAS簡介 GWAS（Genome-wide association study）是對遺傳多樣性豐富的自然群體的每個(gè)個(gè)體進(jìn)行基因組測序，結(jié)合目標(biāo)性狀的表型數(shù)據(jù)砰识，基于一定的統(tǒng)...
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CFVisual繪制Motif+基因結(jié)構(gòu)+結(jié)構(gòu)域+進(jìn)化樹+啟動(dòng)子圖的單獨(dú)或組合圖1. 軟件簡介 CFVisual_V2.1軟件是一款借助Python語言的matplotlib庫和PySide2庫進(jìn)行生物序列結(jié)構(gòu)繪圖的數(shù)據(jù)可視化軟件辫狼，主要用于生物信...
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重復(fù)一篇文獻(xiàn)的GWAS（一）：基因型數(shù)據(jù)整理文獻(xiàn)：A new regulator of seed size control in Arabidopsis identified by a genome-wide asso...
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農(nóng)民的兒子
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重測序分析（3）比對到參考基因組
將經(jīng)過過濾后得到的高質(zhì)量數(shù)據(jù)比對到參考基因組上膨处，并進(jìn)行排序和去重復(fù)等處理，用于后續(xù)的變異檢測砂竖。 軟件準(zhǔn)備 bwasamtoolspicard 文件準(zhǔn)備 參考基因組：genom...
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重測序分析（2）原始數(shù)據(jù)的質(zhì)控和過濾fastq數(shù)據(jù)格式 第一行：描述信息（包括表頭真椿、芯片 ID、第幾個(gè)通道乎澄、識別堿基）第二行：讀取堿基第三行：+第四行：堿基質(zhì)量分?jǐn)?shù)突硝，每個(gè)字符對應(yīng)第二行相應(yīng)位置堿基或氨基酸的質(zhì)量...
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為什么要做重測序與群體遺傳（前言）什么是群體進(jìn)化 群體遺傳學(xué)（population genetics）：研究群體的遺傳結(jié)構(gòu)及其變化規(guī)律的遺傳學(xué)分支學(xué)科。1.以群體為基本研究單位2.以基因頻率和基因型頻率描述群...
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