功能(GO)或者通路(Pathway)富集分析時(shí)彤避，都會(huì)涉及到 Background; 做分析時(shí)，分析工具會(huì)提供一些數(shù)據(jù)供使用者選擇或者使用自定義的gene list怖现。 例如，...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：重慶
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GO和Pathway富集分析的背景基因集
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Conda clean 凈化Anaconda
conda 安裝的包都在目錄Anaconda/pkgs下玉罐。隨著使用屈嗤，conda 安裝的包也越來(lái)越多；有時(shí)候會(huì)出現(xiàn)以下不好的情況： 有些包安裝之后吊输，從來(lái)沒(méi)有使用過(guò)饶号； 一些安裝包...
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ChIP-Seq數(shù)據(jù)挖掘系列-1: Motif 分析(1) - HOMER 安裝
HOMER 是一套用于Motif查找和二代數(shù)據(jù)分析的工具。HOMER 中的工具是使用Perl 和C++編寫(xiě)的季蚂，適用于unix操作系統(tǒng)茫船。基于motif尋找的算法癣蟋，HOMER 適...
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ChIP-Seq數(shù)據(jù)挖掘系列-2: Motif 分析(2) - HOMER Motif 分析基本步驟在基因組調(diào)控元件分析中透硝，HOMER 可以用于發(fā)現(xiàn)新的motif。HOMER 通過(guò)比較兩個(gè)序列集疯搅，再使用ZOOPS scoring (zero or one occurrenc...
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ChIP-Seq數(shù)據(jù)挖掘系列-3: Motif 分析(3) - 利用ChIP-Seq結(jié)果在基因組區(qū)域中尋找富集的Motifs# findMotifsGenome.pl: 在基因組區(qū)域中尋找富集Motifs HOMER 最初設(shè)計(jì)的目的用于ChIP-Seq peaks 中尋找富集motifs 濒生。 #命...
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轉(zhuǎn)錄組入門(3)：了解fastq測(cè)序數(shù)據(jù)
轉(zhuǎn)錄組入門(3)：了解fastq測(cè)序數(shù)據(jù)需要用安裝好的sratoolkit把sra文件轉(zhuǎn)換為fastq格式的測(cè)序文件，并且用fastqc軟件測(cè)試測(cè)序文件的質(zhì)量幔欧！作業(yè)罪治，理解測(cè)序...