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@Cuticular 物種太多，物種之間遺傳進化距離太遠雏掠，沒有單拷貝基因很正常下愈。

Orthofinder2鑒定單拷貝基因并構建進化樹

實驗目的：比較基因組學矫钓，從基因組獲取單拷貝基因毡琉，并構建有根的進化樹铁瞒，并估計分化時間，最終畫出有分化時間的進化樹實驗流程：orthofinder2獲取單拷貝基因——muscle...

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編譯perl的腳本的時候桅滋，如果遇到類似于Perl lib version (5.34.0) doesn't match executable '/usr/bin/perl' ...

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第3列就是進化的時間号俐。使用手動計算注意使用正確的u泌豆。cat genome.fa.pass.list.gff3|awk '$3=="repeat_region"{split($9,a,";");print $1","a[3]","a[5]}'|sed 's/Classification\=LTR\///g;s/ltr_identity\=//g'|awk -F ',' '{print $1","$2","(1-$3)/((7e-9)*2)}' >LTRtime.csv 我這里使用的u是7e-9,你需要使用對應物種的u.這個是擬南芥的u.

LTR-RTs的鑒定,LAI值的計算

LAI是一種新的評估基因組組裝質(zhì)量的評價標準。LTR講解[http://www.reibang.com/p/a93cdbc36339]部分轉載自https://www.ji...

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例如有Zeamays B73 V3的vcf想 轉為V4版本的vcf,就可以使用liftover進行吏饿。 如果有Zeamays B73 V4版本的基因踪危，想轉為Zemays Mo1...

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ldsc github[https://github.com/bulik/ldsc] 1. 安裝ldsc 2. 開始計算遺傳力 需要提前準備好GWAS的結果文件summary...

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@如風逝 好像可以用其他組學代替。完全不用不知道能不能運行

TOP用于表型預測

TOP是2022年發(fā)表在GB上的工具猪落，基于rrBLUP包進行預測的工具原文地址 以目標為導向的優(yōu)先級：通過育種中的預測分析整合生物體和分子性狀的靶向選擇策略 |基因組生物學[...

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在獲取農(nóng)業(yè)數(shù)據(jù)集后,應用深度學習開展農(nóng)業(yè)對象識別與檢測研究的總體過程包括數(shù)據(jù)集準備贞远、網(wǎng)絡架構、訓練與驗證評估笨忌。其中蓝仲，準備數(shù)據(jù)集時包括數(shù)據(jù)標注、數(shù)據(jù)增強官疲、數(shù)據(jù)清洗杂曲、標準化或規(guī)范...

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使用前先安裝optuna.pip install optunaoptuna適用于多種機器學習框架包括pytorch,tensorflow等≡啵可以optuna examples...

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LeNet-5：這是最早的 CNN 模型之一噪漾，用于手寫數(shù)字識別。 AlexNet：在 LeNet-5 的基礎上進行了改進且蓬，是 2012 年 ImageNet 競賽的冠軍模型欣硼。...