寫(xiě)在前面的廢話 我可能不適合做科研，因?yàn)槲铱偸菍?duì)一些“沒(méi)有必要”的事斤斤計(jì)較~ 剛開(kāi)始接觸二代測(cè)序時(shí)，是跟著Jimmy大神從RNA-seq開(kāi)始入門(mén)的。那時(shí)候使用的比對(duì)工具是H...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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那令人困惑的比對(duì)工具選擇啊~
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使用htseq-count進(jìn)行定量分析和featurecounts一樣面粮，htseq-count也是一款進(jìn)行raw count定量的軟件。該軟件采用python語(yǔ)言進(jìn)行開(kāi)發(fā)鸟悴，集成在HTseq這個(gè)包中幅虑。 對(duì)于pyth...
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Mash: 使用MinHash快速估算基因距離
工具介紹 Mash擴(kuò)展了MinHash降維技術(shù)，使其成對(duì)的突變距離和P值顯著性檢驗(yàn)盒刚，從而可以有效地聚類(lèi)和搜索大量序列集合腺劣。混搭將大序列和序列集還原為較小的代表性草圖因块，進(jìn)而可以...
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微生物組數(shù)據(jù)的centered log-ratio transformation?在分析腸道微生物數(shù)據(jù)中橘原，一般會(huì)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行一定的轉(zhuǎn)換，以使數(shù)據(jù)盡可能的服從正態(tài)分布。常用的方法有Centered Log-ratio (CLR) transformation...
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群落多樣性之Alpha多樣性（一）
學(xué)習(xí)生物學(xué)趾断，一項(xiàng)很重要的事情就是理解概念拒名。有一種方法就是直接從名字上理解概念。小RNA芋酌，是不是就是很小的RNA增显？宏基因組，是不是就是很“宏”的基因組脐帝？……答案很統(tǒng)一：必須是啊...
