導(dǎo)讀 1. 宏轉(zhuǎn)錄組概念： 宏轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是對(duì)某一特定時(shí)期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進(jìn)行高通量測(cè)序搪搏，直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉(zhuǎn)錄組信息的一種測(cè)序技術(shù)的新應(yīng)用狭握。宏轉(zhuǎn)錄...
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盤點(diǎn)宏轉(zhuǎn)錄組分析方法
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sortmerna 去除rRNAsortmerna是一款檢測(cè)文庫中rRNA含量疯溺，并去除rRNA reads的軟件论颅。當(dāng)懷疑文庫中包含的rRNA比例較高時(shí)，這款軟件可以派上用場(chǎng)囱嫩。以下簡(jiǎn)單介紹它的安裝與基本使用方...
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KneadData質(zhì)控恃疯、SortMeRNA去rRNA
導(dǎo)讀 宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析第一步。 一墨闲、KneadData下載今妄、安裝、質(zhì)控 鏈接：https://bitbucket.org/biobakery/kneaddata/wiki/H...
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學(xué)習(xí)R語言繪圖盾鳞，一個(gè)網(wǎng)站就夠了
很多人想學(xué)習(xí)R語言繪圖犬性，最好的辦法就是多進(jìn)行操作，這里有一個(gè)非常好的網(wǎng)站腾仅，里面匯集了大量R語言的繪圖代碼乒裆，只需將這些代碼復(fù)制下來多去操作就會(huì)有很好的收獲。r-graph-ga...
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群體進(jìn)化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱之為史上最全基因流（也稱基因遷移）是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)鹤耍，從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成。通過基因交流向群體中引入新的等位基因验辞，是遺傳變異一個(gè)非常重要的來源稿黄，...
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iTOL進(jìn)化樹調(diào)圖細(xì)節(jié)記錄iTOL基本用法已經(jīng)會(huì)了跌造，之前記錄過一點(diǎn)：系統(tǒng)發(fā)育（進(jìn)化）樹繪制小結(jié)[http://www.reibang.com/p/20af7e003d19]杆怕。最近重用，調(diào)圖時(shí)又發(fā)現(xiàn)了...
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Conterminator--檢測(cè)核苷酸和蛋白質(zhì)序列組中的污染
更新: 最近有看到新的軟件可以檢測(cè)高通量序列的污染情況---fastq_screen(https://github.com/StevenWingett/FastQ-Scree...
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Blast++與Diamond區(qū)別之一 qcovs
名詞解釋：High Scoring Pairs (HSP) 參考自：BLAST中财著，與HSP和query_coverage(qcov)相關(guān)的關(guān)鍵參數(shù)[http://blog.s...
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安裝Aspera Connect工具下載sra數(shù)據(jù)
比較悲催的是現(xiàn)在下不了联四，查了很多沒有找到解決辦法 加上一個(gè)端口參數(shù) -P 33001撑碴，貌似可以下載了（今天2019.5.23晚上在摸索下） 一、下載安裝Aspera Conn...
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