萌哥碎碎念：NCBI的官方注釋流程一直都是出了名的效果拔群準(zhǔn)確度極高，但可惜一直都是非開源的星岗，看到這么好用的工具卻用不到自己的項目里胚宦，心里可太刺撓了首有。終于！最近NCBI開源了...
IP屬地：密蘇里州
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NCBI官方真核生物全基因組注釋流程首次開源脐供！嘗鮮體驗踩坑貼奉上~ -
datasets使用實例 | 如何批量獲得特定物種的taxonomy信息间唉？
工具 使用到的工具是： datasets jq datasets是NCBI官方的工具绞灼，可以直接調(diào)用NCBI的API進行信息的查詢，返回的結(jié)果是json格式〕室埃現(xiàn)在還在活躍開發(fā)中...
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@球果假水晶藍(lán) 并沒有 但是想要往這個方向發(fā)展
機器學(xué)習(xí)/深度學(xué)習(xí)與基因組學(xué)資源搜羅
作為一個genomics方向的研究者低矮，在AI的浪潮中總是避免不了焦慮。擔(dān)心被時代拋棄被冒。 在以前军掂，不識字的我們稱之為文盲；再后來昨悼，英語不好是地球村的文盲蝗锥；接著到了信息時代，不會...
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AI Python for Beginners之我見
作為一個十級互聯(lián)網(wǎng)沖浪選手率触，當(dāng)看到吳恩達(dá)老師出新課的時候就已經(jīng)無腦沖了终议。 傳送門：https://learn.deeplearning.ai/courses/ai-pytho...
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機器學(xué)習(xí)/深度學(xué)習(xí)與基因組學(xué)資源搜羅
作為一個genomics方向的研究者，在AI的浪潮中總是避免不了焦慮。擔(dān)心被時代拋棄穴张。 在以前细燎，不識字的我們稱之為文盲；再后來皂甘，英語不好是地球村的文盲玻驻；接著到了信息時代，不會...
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萌哥修BUG | Ubuntu 22.04.3 LTS如何給根目錄擴展空間
省流版 前提條件： 有root權(quán)限 不涉及分區(qū)的刪除增加重新分區(qū) 不需要重啟或者關(guān)機 不需要到服務(wù)器面前才能操作偿枕，遠(yuǎn)程也可以完成 step 1： 運行一下df -h知道一下自...
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新手的R包安裝指南：一條命令就可以把任何來源的R包安裝上啦
太長不看版 只需要使用BiocManager::install()就可以把CRAN璧瞬、bioconductor、GitHub來源的包都安裝上了渐夸。 R包安裝的天下三分 安裝R包是...
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【讀者投稿】用Bypy直接下載百度云盤文件到服務(wù)器
背景介紹 組學(xué)數(shù)據(jù)越來越大嗤锉，數(shù)據(jù)傳輸已經(jīng)成了一個組學(xué)合作研究中的重要限制因素。百度云盤是數(shù)據(jù)存儲和傳輸?shù)闹匾ぞ咿嗝龋琤ypy是一個為了解決數(shù)據(jù)操作的工具档冬。 它可以通過命令行上傳...
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【文獻速讀】Sequence basis of transcription initiation in human genome
要讀的文章太多了膘茎。實在是沒時間把所有的感興趣的文章都精讀一遍桃纯。那就借助GPT快速總結(jié)一下文章的內(nèi)容。 文章標(biāo)題：Sequence basis of transcription...
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用agat把embl格式轉(zhuǎn)換成gff格式
我最近在用YGAP (Yeast Genome Annotation Pipeline) 做yeast基因組的注釋披坏。 YGAP生成的注釋結(jié)果默認(rèn)是bed格式不是gff格式态坦，并...
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在Linux下用ftp和lftp從FTP站點下載文件
背景介紹 最近我需要通過FTP站點下載合作者提供的測序數(shù)據(jù)，因此研究了一下怎么快速地從FTP站點下載文件棒拂。 測試的工具主要是ftp和lftp 什么是FTP伞梯？ FTP，全稱為“...
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10x scaffolding系列3：使用tigmint糾錯并進行基因組scaffolding
背景介紹 這篇應(yīng)該是10x genomics數(shù)據(jù)輔助基因組組裝的最后一篇帚屉，tigmint也是這些軟件之中效果最好的一個谜诫，屬于壓箱底的好工具。并且這個軟件是個活著的軟件攻旦，相比于...
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10x scaffolding系列2：ARBitR的使用
背景介紹 目前就我所知的能用于10x scaffolding的軟件主要有這幾個： scaff10x fragscaff tigmint+ARCS/ARKS LINKS ARB...
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用scaffold10x基于10x genomics數(shù)據(jù)做genome scaffolding
背景介紹 在得到初步的組裝結(jié)果之后喻旷，如果手上有10x genomics的基因組測序數(shù)據(jù)的話，除了可以用supernova基于10x數(shù)據(jù)獨立組裝出一個新版本的基因組外(詳見我的...
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用mecat2組裝基因組
背景介紹 mecat2可以說是比較早的一批可以用于三代測序平臺的基因組組裝軟件了牢屋，2017年剛上碩士的時候就有接觸到過且预。當(dāng)然還有WTDBG2也是差不多同時期的軟件。 軟件安裝...
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用verkko組裝基因組
背景介紹 verkko是一個最新的可以應(yīng)用于二倍體基因組T2T（telomere-to-telomere）級別的基因組組裝的組裝軟件烙无。 2022年9月14號李恒在主題為Pac...
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10x基因組數(shù)據(jù)的組裝
10x genomics除了有非常出名的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的業(yè)務(wù)線以外還有基于10x的基因組的業(yè)務(wù)锋谐。接下來就帶大家走一走10x基因組數(shù)據(jù)的組裝流程。 軟件下載 組裝的軟件叫做sup...
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用nextDenovo組裝基因組
背景介紹 NextDenovo是武漢未來組（現(xiàn)在可能得叫希望組了）開發(fā)的用于三代基因組組裝的軟件截酷。想當(dāng)年讀碩士的時候我還因為項目合作的事兒在未來組呆了好幾個月來著涮拗。 可用資源...
個人介紹
PhD student in Biology | Genomics | Evolution | TSS | python | R | Machine Learning | R package develop