導(dǎo)讀 主成分分析（principal component analysis梨树，PCA）是將多個(gè)變量通過線性變換以選出較少個(gè)數(shù)重要變量的一種多元統(tǒng)計(jì)分析方法确封，是常用的數(shù)據(jù)降維手段...
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R：prcomp做PCA -
Quantile Normalization轉(zhuǎn)自：http://www.bio-info-trainee.com/2043.html 提到normalization很多人都煩了桃笙，幾十種方法幔妨，而對于芯片或者其它表達(dá)數(shù)據(jù)來...
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R語言函數(shù)匯總
round(x,n):x的約數(shù)易遣，精確到n位 table(x):返回一個(gè)由x不同值個(gè)數(shù)組成的表格（通常用于整數(shù)或因子）先巴，即頻數(shù)表 prop.table(x,margin=):根...
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R 數(shù)據(jù)可視化 02 | 火山圖
一. 示例數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 下載：鏈接：https://pan.baidu.com/s/1tKR943efKOn7-TW_892KLg提取碼：wbk6 文件說明示例數(shù)據(jù)褐奥，其中數(shù)據(jù)均為...
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強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合的基因ID轉(zhuǎn)換劉小澤寫于2020.5.28Ensemble轉(zhuǎn)Symbol其實(shí)不是這么簡單椎工，問題百出饭于，需要留意 0 今天遇到一個(gè)需求，先來看看 有這樣的四個(gè)文件维蒙，每個(gè)文件中都有兩列Ensem...
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R數(shù)據(jù)可視化10:蜜蜂圖 Beeswarm忙碌于實(shí)驗(yàn)的一周掰吕。寫代碼的時(shí)候是只要寫代碼就要?jiǎng)幽X子，最簡單的讀文件颅痊，也是要小小動(dòng)一下腦子殖熟。而做實(shí)驗(yàn)的時(shí)候是計(jì)劃實(shí)驗(yàn)的時(shí)候動(dòng)腦子，實(shí)驗(yàn)中機(jī)械操作斑响，然后實(shí)驗(yàn)失敗的時(shí)候是費(fèi)腦子菱属。...
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TCGA癌癥類型和樣本代號(hào)解析之前分析TCGA數(shù)據(jù)都是直接匹配barcode，其規(guī)則懂的不多舰罚。相信有不少同志也有這方面困惑纽门。 這里給出兩份資料，一份是TCGA官方英文介紹营罢，鏈接為https://wiki....
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2019-07-13 - TCGA胃癌的miRNA成熟體在腫瘤不同級(jí)別的表達(dá)圖 (R)思路 首先要依據(jù)臨床特征建立分組赏陵，無論是復(fù)發(fā)vs原發(fā)還是TNM分型中的T/N/M。將腫瘤每個(gè)樣本的表型特征饲漾，與表達(dá)數(shù)據(jù)矩陣一一對應(yīng)到同一張表格里來瘟滨，隨后再用作圖工具出圖。因?yàn)?..
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2020-01-07-TCGA之RTCGATCGA數(shù)據(jù)的另一個(gè)重要的包：RTCGA參考學(xué)習(xí)資料：TCGA之miRNA預(yù)測臨床表現(xiàn)RTCGA（1） 數(shù)據(jù)概況與數(shù)據(jù)下載RTCGA（2） 數(shù)據(jù)分析與可視化https://w...
