作者：ahworld鏈接：scanpy讀取10X HD經(jīng)驗[https://mp.weixin.qq.com/s/oLijUwLC19aVuEugHV1bow]來源：微信公眾...
發(fā)簡信
IP屬地：貴州
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scanpy讀取10X HD經(jīng)驗 -
GO 富集結(jié)果可視化優(yōu)化筆記作者：ahworld鏈接：GO 富集結(jié)果可視化優(yōu)化筆記[https://mp.weixin.qq.com/s/VsAHJhuhbUBe1EJUA8Vy9Q]來源：微信公眾號s...
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生信分析軟件環(huán)境搭建-conda-R-python
安裝Anaconda down load anaconda wget <https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2024.02...
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jupyter調(diào)用多個R，python kernel作者：ahworld鏈接：jupyter調(diào)用多個R爆存，python kernel[https://mp.weixin.qq.com/s/O_YGNsIWylVKuQTuL18x...
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空轉(zhuǎn)分析代碼備忘錄：seurat可視化代碼雕琢作者：ahworld鏈接：空轉(zhuǎn)分析代碼備忘錄：seurat可視化代碼雕琢[https://mp.weixin.qq.com/s/nzKN6-AYiZZflbPHreRZMQ]...
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ATAC-seq / ChIP-seq問題盤點
作者：snail編輯：angelica 引言 跟著阿拉丁一起學(xué)習(xí)的時間又到了～～ ATAC-seq利用DNA轉(zhuǎn)座酶（Tn5）切割開放的DNA區(qū)域并結(jié)合二代高通量測序技術(shù)來研究...
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可以嘗試在excel中規(guī)整數(shù)據(jù)，然后復(fù)制粘貼到 sublime tex3保存
內(nèi)參基因篩選在線版GeNorm和NormFinder工具發(fā)布
作者：ahworld鏈接：內(nèi)參基因篩選在線版GeNorm和NormFinder工具發(fā)布[https://mp.weixin.qq.com/s/K_fsE-7hKlwBM4FJ...
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可以看看 calculate_branch_feature_importance逻锐，在文中有寫
單細胞軌跡推斷分析（擬時間分析）dyno使用教程
作者：yuanzan鏈接：dyno使用教程--1個R包實現(xiàn)59種單細胞軌跡推斷分析)來源：微信公眾號著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者簿姨。 在上一期的《單細胞軌跡分析...
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看不到你的數(shù)據(jù)梅惯，所以沒有辦法作出建議，
你可以嘗試看看 adata.obs['cell_type'].unique() 都包含哪些內(nèi)容seurat結(jié)果轉(zhuǎn)為scanpy可處理對象
作者：ahworld鏈接：seurat結(jié)果轉(zhuǎn)為scanpy可處理對象來源：微信公眾號seqyuan著作權(quán)歸作者所有信夫，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者窃蹋。 怎樣把seurat的對象轉(zhuǎn)換...
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跳過guidelines那一步就行，
直接給methods_selected賦值就可以單細胞軌跡推斷分析（擬時間分析）dyno使用教程
作者：yuanzan鏈接：dyno使用教程--1個R包實現(xiàn)59種單細胞軌跡推斷分析)來源：微信公眾號著作權(quán)歸作者所有静稻，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者警没。 在上一期的《單細胞軌跡分析...
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seqyuan ·T細胞和B細胞被激活之后，都會單克隆增殖振湾，但這不是基因重排杀迹；基因重排在中樞發(fā)育階段已經(jīng)完成。B細胞在分化為漿細胞之前會發(fā)生體細胞高頻突變押搪，以合成高度特異性的抗體树酪；但這不是基因重排，而是基因的點突變
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實用ssh命令|端口轉(zhuǎn)發(fā)訪問遠程集群jupyter服務(wù)作者：ahworld鏈接：seurat結(jié)果轉(zhuǎn)為scanpy可處理對象[https://mp.weixin.qq.com/s/fwdjnekdgWCOZ_yer6Q-yQ]來源...
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@Cooperstation
sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=10, n_pcs=40)
sc.tl.diffmap(adata)
sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=10, use_rep='X_diffmap')seurat結(jié)果轉(zhuǎn)為scanpy可處理對象
作者：ahworld鏈接：seurat結(jié)果轉(zhuǎn)為scanpy可處理對象來源：微信公眾號seqyuan著作權(quán)歸作者所有大州，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者续语。 怎樣把seurat的對象轉(zhuǎn)換...
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@Cooperstation
運行sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=10, use_rep='X_diffmap')之前，運行sc.tl.diffmap(adata)了嗎seurat結(jié)果轉(zhuǎn)為scanpy可處理對象
作者：ahworld鏈接：seurat結(jié)果轉(zhuǎn)為scanpy可處理對象來源：微信公眾號seqyuan著作權(quán)歸作者所有厦画，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者疮茄。 怎樣把seurat的對象轉(zhuǎn)換...
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@Cooperstation
library(Seurat)
library(SeuratData)
library(SeuratDisk)
DefaultAssay(rds) <- "RNA"
SaveH5Seurat(rds, filename = "obj.h5Seurat")
Convert("obj.h5Seurat", dest = “h5ad")seurat結(jié)果轉(zhuǎn)為scanpy可處理對象
作者：ahworld鏈接：seurat結(jié)果轉(zhuǎn)為scanpy可處理對象來源：微信公眾號seqyuan著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者根暑。 怎樣把seurat的對象轉(zhuǎn)換...
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@Cooperstation 可以轉(zhuǎn)換成h5ad
seurat結(jié)果轉(zhuǎn)為scanpy可處理對象
作者：ahworld鏈接：seurat結(jié)果轉(zhuǎn)為scanpy可處理對象來源：微信公眾號seqyuan著作權(quán)歸作者所有力试，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者。 怎樣把seurat的對象轉(zhuǎn)換...
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抓取omim數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)簡介 OMIM 全稱叫做Online Mendelian Inheritance in Man排嫌， 是一個不斷更新的人類孟德爾遺傳病的數(shù)據(jù)庫畸裳，這個數(shù)據(jù)庫主要關(guān)注人類基因變異和表...
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GPU版scanpy (rapids)實踐 | 大型單細胞數(shù)據(jù)分析利器作者：ahworld鏈接：GPU版scanpy (rapids)實踐 | 大型單細胞數(shù)據(jù)分析利器[https://mp.weixin.qq.com/s/H4IfeI6TdK7...
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內(nèi)參基因篩選在線版GeNorm和NormFinder工具發(fā)布作者：ahworld鏈接：內(nèi)參基因篩選在線版GeNorm和NormFinder工具發(fā)布[https://mp.weixin.qq.com/s/K_fsE-7hKlwBM4FJ...
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我沒有這個的
細胞通訊-iTALK使用方法
作者：ahworld鏈接：細胞通訊-iTALK使用方法來源：微信公眾號-seqyuan著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者躏率。 什么是細胞通訊躯畴？ 多細胞生物由不同類型的...