記錄跟差異基因分析相關(guān)的幾個(gè)概念，主要摘自《R與Bioconductor》一書。 基因表達(dá)差異的顯著性分析 簡(jiǎn)稱表達(dá)差異分析揍诽，其目的是比較兩個(gè)條件（包括種屬卜范、表型等）下的基因...
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理解差異表達(dá)與GO分析
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【基因組學(xué)】使用StringTie+gffread鑒定基因的新轉(zhuǎn)錄本寫在前面 ????轉(zhuǎn)錄組通常被用來尋找差異基因箕宙，但是有的時(shí)候我們想看一下已報(bào)道的基因是否存在可變剪切現(xiàn)象享怀，即新轉(zhuǎn)錄本的挖掘调榄，這個(gè)時(shí)候就需要利用StringTie+gffrea...
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DEseq2 均一化多個(gè)處理的樣本
我要做一個(gè)分析愿伴，需要用均一化的數(shù)據(jù)肺魁，學(xué)生說之前是需要兩兩去做DEseq2，然后再做下游分析隔节，我覺得太麻煩鹅经。于是摸索了下寂呛，DEseq2可以均一化多個(gè)樣本。代碼如下：我這里是8個(gè)...
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提取fasta文件特定ID序列,及其計(jì)算序列長(zhǎng)度
參考： https://www.biostars.org/p/127141/快速計(jì)算fasta序列長(zhǎng)度的方法 Tips： 有時(shí)候需要通過具體的ID瘾晃，獲取序列信息贷痪，及其計(jì)算序列...
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Bioinformatic workflow
給大家推薦個(gè)網(wǎng)站：https://bioinformaticsworkbook.org/projectManagement/Intro_projectManagement#g...
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RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差異基因分析→ggplot2作火山圖→biomaRt轉(zhuǎn)換ID并注釋請(qǐng)一定看這里：寫下來只是為了記錄一些自己的實(shí)踐，當(dāng)然如果能對(duì)你有所幫助那就更好了酗捌，歡迎大家和我交流 差異分析流程: 1 初始數(shù)據(jù) 2 標(biāo)準(zhǔn)化(normalization)：D...
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Xshell6和Xftp6 破解免安裝版呢诬，無窗口多開限制上班第一天發(fā)現(xiàn)xshell6評(píng)估已過期，網(wǎng)上搜索破解版基本都是免費(fèi)版的破解胖缤，有窗口多開限制尚镰，而且安裝包相對(duì)較大，費(fèi)了1個(gè)小時(shí)才找到一個(gè)免安裝綠色破解版的xshell6和xft...
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RNA-seq snakemake 自動(dòng)化流程教程很多哪廓，隨便列兩個(gè)狗唉，強(qiáng)烈推薦學(xué)起來，沒有python基礎(chǔ)也可以搞定 參考1參考2Snakemake搭建生信分析流程-簡(jiǎn)介snakemake使用筆記[轉(zhuǎn)]snakemake-...
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eQTL就那樣～（2）前言 我還未想到這個(gè)專題叫什么...... 暫定“XXX就那樣”涡真？ 6.GTEx數(shù)據(jù)庫是什么分俯？ “人類GWAS-轉(zhuǎn)錄組-疾病表型補(bǔ)完計(jì)劃”，噢不哆料，基因型-組織表達(dá)計(jì)劃（G...
