注：本文僅討論轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的免疫浸潤(rùn)評(píng)估掩浙。關(guān)于免疫浸潤(rùn)的計(jì)算，其實(shí)有不少綜述進(jìn)行過(guò)總結(jié)秸歧。筆者看到過(guò)2篇發(fā)表于2018年的相關(guān)綜述（雖然現(xiàn)在都2020年了）厨姚，大致看了下（也沒(méi)仔...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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轉(zhuǎn)錄組分析中的免疫浸潤(rùn)的評(píng)估方法 -
生信知識(shí)補(bǔ)充目前研究轉(zhuǎn)錄組的方法主要三種：（1）基于雜交技術(shù)的cDNA芯片和寡聚核苷酸芯片；（2）基于sanger測(cè)序法的SAGE (serial analysis of gene ex...
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文獻(xiàn)閱讀專題
第1篇 原文：Integrative analysis of gene expression and DNA methylation through one‐class lo...
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跳出套路的生信分析第1篇 原文：High-dimensional single-cell analysis predicts response to anti-PD-1 immunothera...
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常用模型使用簡(jiǎn)介
XGBoost xgboost入門與實(shí)戰(zhàn)（原理篇）的后半部分介紹了需要注意的參數(shù)和基本使用方法键菱。神器xgboost簡(jiǎn)單入門和運(yùn)用手把手教寫出XGBoost實(shí)戰(zhàn)程序 NMF N...
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非編碼RNA生信分析第1篇 發(fā)在Journal of Translational Medicine（4分）谬墙。原文：Circular RNA regulatory network reveals ...
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甲基化套路和甲基化有關(guān)的【福可以先了解下甲基化：450k甲基化基礎(chǔ)450K甲基化芯片數(shù)據(jù)處理傳送門450k甲基化芯片常用工具包：ChAMP和minfi等拭抬。 甲基化的一些預(yù)備知識(shí)甲基化程度...
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生信數(shù)據(jù)庫(kù)
最常使用的數(shù)據(jù)庫(kù)是TCGA和GEO，網(wǎng)上有一些不錯(cuò)的博客介紹了如何使用這兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)弄喘，本文不再贅述玖喘，直接貼鏈接吧。 TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)：TCGA-GDC用途及腫瘤基因數(shù)據(jù)下載 GE...
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生信實(shí)戰(zhàn)通道
筆者先前沉迷于算法原理研究蘑志，科研轉(zhuǎn)化效率低下。痛定思痛贬派，新開(kāi)啟簡(jiǎn)書(shū)賬號(hào)急但，記錄生信實(shí)戰(zhàn)套路。本系列不糾結(jié)于算法原理搞乏，純粹功利實(shí)戰(zhàn)波桩，套路優(yōu)先。專注于基本方法的使用请敦、經(jīng)典文獻(xiàn)的解讀記錄镐躲。