基本概念 代謝物：所有分子量小于1500Da的小分子物質(zhì)校摩，包括糖類绞愚、核苷、有機酸史翘、酮類化合物枉长、多肽、氨基酸琼讽、有機胺類必峰、醛類化合物、脂質(zhì)钻蹬、萜類吼蚁、類固醇、生物堿、小分子藥物等等肝匆。...
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【代謝組學(xué)】1.代謝組學(xué)簡介
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5. 基于OTUs的alpha多樣性指數(shù)計算和可視化簡介 1. 物種豐富度指數(shù)(Species richness)：群落中豐度大于0的物種數(shù)之和粒蜈，一般用Observed OTU(observed species)表示，只有物種...
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免疫學(xué)相關(guān)多樣性指數(shù)
1. Chao1多樣性指數(shù)[http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1074963.html] chao1是度量物種豐富度的指標(biāo)旗国，它和豐...
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多樣性指數(shù)：辛普森指數(shù)和香農(nóng)-維納指數(shù)【導(dǎo)讀】多樣性指數(shù)是一種量化指標(biāo)枯怖，可反映數(shù)據(jù)集中有多少種不同類型，并且可以同時考慮到這些種類的個體分布之間的系統(tǒng)性關(guān)系能曾，例如豐富性度硝，差異性或均勻性。常用的多樣性指數(shù)有辛普森多...
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三代組裝之flye
方案1: 不糾錯直接組裝寿冕。輸入數(shù)據(jù)分為兩種情況蕊程，一種是用所有的原始數(shù)據(jù)（包括長度過濾2K/5K以下），一種則是選擇最長的30X, 40X作為輸入驼唱。 miniasm: http...
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linux下的find文件查找命令與grep文件內(nèi)容查找命令
linux下的find文件查找命令與grep文件內(nèi)容查找命令 在使用linux時藻茂，經(jīng)常需要進(jìn)行文件查找。其中查找的命令主要有find和grep玫恳。兩個命令是有區(qū)的辨赐。 區(qū)別：(1...
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kmer分析的幾款軟件介紹1.jellyfish 運行jellyfish 2.使用 GCE 進(jìn)行基因組大小評估 GCE 軟件包中主要包含 kmer_freq_hash 和 gce 兩支程序。前者用于進(jìn)...
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基因結(jié)構(gòu)注釋（2）：同源注釋同源預(yù)測(homology prediction)利用近緣物種已知基因進(jìn)行序列比對纽窟，找到同源序列肖油。然后在同源序列的基礎(chǔ)上，根據(jù)基因信號如剪切信號臂港、基因起始和終止密碼子對基因結(jié)...
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4森枪、RNAseq(4)--Hisat2進(jìn)行序列比對及Samtools格式轉(zhuǎn)化概況：使用處理后的fastq文件和基因組與轉(zhuǎn)錄組比對，確定在轉(zhuǎn)錄組或者基因組中的關(guān)系审孽。在轉(zhuǎn)錄組和基因組的比對采取的方案不同县袱。分別是ungapped alignment to ...
