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群體遺傳學(xué) | 種群歷史推斷方法小綜述序言：種群歷史（）是指描述種群大小改變隨著時(shí)間變化的一個特定模型普监。給定一個種群模型能產(chǎn)生很多可能的譜系，不同的譜系導(dǎo)致不同的遺傳變異式樣糟港，也就是...
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群體歷史推斷軟件匯總2021-0805
（1）δaδi （2）G-PhoCS （4）PSMC （5）fastsimcoal （6）MCMC （7）stairway plot （8）Im...
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自然雜交研究中有關(guān)漸滲和基因流的軟件2021-08-05
(1)Migrate-n （2)BayesASS3 (3)NewHybrids (4)parallelnewhybrid (5)introgre...
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群體結(jié)構(gòu)推斷軟件FastStructure安裝的詳細(xì)指南
此款軟件是基于SNP位點(diǎn)進(jìn)行群體結(jié)構(gòu)的推斷攀操，運(yùn)行速度比較快一些，本文主要介紹它的詳細(xì)安裝步驟秸抚。一速和、安裝fastStructure的依賴包和庫：C...
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鑒定全基因組變異（Variant Calling）軟件集錦
1.GATK （1）program language：C++ （2）Reference: （3）Manual： （4）Link： 2.DeepV...
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構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹之軟件集錦（更新于2021.01.22）
2020.01.22更新內(nèi)容，補(bǔ)充了堿基替換模型軟件和貝葉斯樹軟件剥汤。 序言：一點(diǎn)筆記整理颠放，希望對看到的同學(xué)，老師有所幫助吭敢！ 1.復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)狀進(jìn)化...
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ipyrad分析RAD數(shù)據(jù)（官網(wǎng)給出）的詳細(xì)操作步驟（入門級）序言：目前（截止2020.04.01）碰凶，針對RAD-seq數(shù)據(jù)的分析軟件主要有伊利諾伊大學(xué)厄巴納-香檳分校Catchen實(shí)驗(yàn)室的STACKS和哥...