嚴(yán)格意義上說遺傳進(jìn)化中的群體結(jié)構(gòu)應(yīng)該包括PCA、群體進(jìn)化樹和群體STRUCRURE沪停，傳統(tǒng)的PCA和群體進(jìn)化樹只能直觀的了解群體中個體的分類關(guān)系教寂，但無法解釋群體間具體的分群數(shù)目...
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GWAS | 2.群體結(jié)構(gòu) structure -
組間差異檢驗(yàn)，終于有人講清楚了!什么是組間差異檢驗(yàn)紧帕？就是組間的差異分析以及顯著性檢驗(yàn)挨措，應(yīng)用統(tǒng)計(jì)學(xué)上的假設(shè)檢驗(yàn)方法惭缰，檢驗(yàn)組間是否有差異及其差異程度珠漂。坦率地講，所有的差異檢驗(yàn)都基于一個假設(shè)：組間沒有差異尾膊，變量之...
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CRISPResso2-基于高通量測序的靶點(diǎn)分析軟件
鴿了好久媳危，這段時間一直忙于畢業(yè)論文、投文章冈敛、博士申請和課題設(shè)計(jì)待笑，總算都有了著落。今兒這內(nèi)容也是實(shí)驗(yàn)室有需要就做了一下抓谴，前面加Barcode暮蹂、混池測序就不說了，很多公司都清楚癌压，...
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我在簡書的第4周年
今天登陸簡書的時候看到了一個提示仰泻，提醒我已經(jīng)加入簡書4周年了。 不知不覺已經(jīng)寫了將近50多萬的字（不計(jì)代碼）滩届，也沒有想到原來我加入簡書正好是五四集侯。 正如當(dāng)我的粉絲數(shù)達(dá)到400...
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測序數(shù)據(jù)基本信息統(tǒng)計(jì) | reads,coverage,depth
00 寫在前面 測序后公司交付數(shù)據(jù)時，一般會提供質(zhì)控后的clean data和后續(xù)的基礎(chǔ)分析結(jié)果帜消。因?yàn)榭赡苄枰约簛磉M(jìn)行數(shù)據(jù)的預(yù)處理棠枉，記得一定要拿回raw data，同時弄清...
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fasta/fq文件處理萬能工具——Seqkit學(xué)習(xí)記錄
shenwei爪哥開發(fā)的處理Fasta/Fastq文件的萬能工具泡挺。之前處理fq/fa文件時花時間寫的一些腳本發(fā)現(xiàn)在seqkit里直接能一行命令就解決辈讶。實(shí)在是提升效率，整合流程...
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「生信練習(xí)題」從SnpEff注釋得到的VCF中過濾4DTV位點(diǎn)
在2019年的一篇NG文章"Resequencing of 414 cultivated and wild watermelon accessions identifies ...
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PBS 作業(yè)管理系統(tǒng)
在上一篇中我們非常簡單地介紹了在 C 語言中嵌入 mpi4py 程序的方法娄猫。 前面我們所給出的各個例程一般都是在單臺計(jì)算機(jī)上直接使用 mpiexec 或 mpirun 執(zhí)行的...
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Viroblast & Sequenceserver
利用云服務(wù)搭建blast服務(wù) 使用Apache2 rewrite 重定向主頁 sequenceserver 界面更為美觀的blast網(wǎng)頁應(yīng)用 使用 apache2設(shè)置訪問密碼
