zd200572

quickdraw是一種可擴(kuò)展的方法拆撼，可以進(jìn)行數(shù)量和二元性狀的全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）喘沿。研究人員將Quickdraws應(yīng)用于405088個(gè)英國生物庫樣本的79個(gè)定量性狀和...

zd200572

大家好，今天小編分享一個(gè)親測給力的生物信息學(xué)新工具——LexicMap晒哄。 ??LexicMap是一個(gè)核苷酸序列比對(duì)工具，專為高效查詢基因柒傻、質(zhì)粒较木、病毒或長讀長序列設(shè)計(jì)，能夠應(yīng)對(duì)高...

zd200572

GPU工具分類 實(shí)話實(shí)說，暫時(shí)只有英偉達(dá)的GPU才能實(shí)現(xiàn)比較方便的基因組分析集成化解決方案扛吞，其他卡還需要努力呀荆责，或者需要商業(yè)公司或?qū)W術(shù)團(tuán)體的努力開發(fā)呀喻粹！FPGA等這種專用卡的...

zd200572

分別是中國人群和東北亞人群的填充參考查乒，測試了下，中國人群的參考注冊(cè)還是相對(duì)友好的玛迄，沒有像有些網(wǎng)站一樣嚴(yán)格限制。東北亞的沒有測試棚亩，兩個(gè)數(shù)據(jù)庫的特點(diǎn)都是包含了少數(shù)民族蓖议，研究朝鮮或...

zd200572

最近學(xué)習(xí)祖源分析方面的內(nèi)容虏杰，發(fā)現(xiàn)已經(jīng)有了GPU版的軟件，可以幾十倍地加快運(yùn)算速度勒虾，推薦使用纺阔！小數(shù)據(jù)集的話家用顯卡即可hold住，十分給力修然！ADMIXTURE 是常用的群體遺傳...

zd200572

最近在qiime2論壇發(fā)現(xiàn)有人發(fā)布了qiime2宏基因組的教程笛钝，這里分享一下，只是alpha版本愕宋，不成熟玻靡，大家謹(jǐn)慎了解。qiime2的專用格式對(duì)于折騰宏基因組還是有點(diǎn)不妥的中贝，...

zd200572

feast團(tuán)隊(duì)的小幅更新之作囤捻，比較可惜的是由于發(fā)表的雜志影響不大，迄今引用只有個(gè)位數(shù)邻寿，相信這好酒香一定會(huì)飄出深巷子的最蕾。微生物源追蹤分析已成為一種廣泛的技術(shù)，用于表征復(fù)雜微生物...

zd200572

筆記本型號(hào)是Redmi G2021老厌，配置還湊活瘟则，5800H，16G, 3050Ti Laptop（4G VRAM)枝秤，相當(dāng)一般的配置啦醋拧！不過自從英偉達(dá)更新了驅(qū)動(dòng)，可以實(shí)現(xiàn)RAM...

zd200572

mummer2circos 是一個(gè)用于繪制細(xì)菌基因組的圈圖（circos圖）的工具淀弹。它基于 BLAST 或 NUCMER/PROMER 的比對(duì)結(jié)果丹壕，生成 SVG 和 PNG ...

zd200572

記得宏基因組公號(hào)的劉博一直主推使用Rstudio+Git for windows來進(jìn)行windows下的命令運(yùn)行和數(shù)據(jù)分析沐序，我也發(fā)現(xiàn)這個(gè)方法挺棒的琉用。好處是每個(gè)命令直接就運(yùn)行了...