目前針對QTL分析有很多軟件嵌溢,比如Plink、 Merlin刻两、R/qtl、FastMap等等,今天給大家分享一下如何使用Matrix eQTL進(jìn)行分析滴某。首先我們先了解一下什么...
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OPLS-DA:正交篇最小二乘法判別分析 原理: OPLS-DA不同于PCA磅摹,它是一種有監(jiān)督的判別分析統(tǒng)計(jì)方法滋迈。運(yùn)用偏最小二乘回歸建立代謝物表達(dá)量與樣本類別之間的關(guān)系模型,來...
曾經(jīng)我用 rMATS 進(jìn)行可變剪切分析悼潭,現(xiàn)在我覺得 IsoformSwitchAnalyzeR 更香庇忌。 IsoformSwitchAnalyzeR 功能總結(jié)如下。 In su...
在實(shí)戰(zhàn)之前皆疹,首先對CHIP-seq分析做一些了解,以下是從各個地方copy過來綜合起來的占拍,有些散亂略就,是我認(rèn)為重要以及應(yīng)該了解的知識點(diǎn)。chip-seq 實(shí)戰(zhàn)就跟在轉(zhuǎn)錄組和外顯...
如何使用MUMmer比對大片段序列 測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時(shí)候晃酒,大家得到的序列都是單個基因的長度表牢,所以一般都是逐個基因的比較,用的都是BLAST或FASTA通過逐個基因聯(lián)配的方...
【原創(chuàng)】生信分析常用基因組數(shù)據(jù)庫匯總 一贝次、綜合性基因組數(shù)據(jù)庫 1崔兴、NCBIAssembly 目前最常用的綜合性基因組數(shù)據(jù)庫,沒有之一(畢竟 NCBI ~) 網(wǎng)址:...