IQ-tree也是一款最大似然法構(gòu)建進化樹的軟件芽丹，目前IQ-tree已經(jīng)更新到2.0版本功能和性能也有很大的提升昼浦，主要有四大功能惦界，高效建樹（efficient tree re...
IP屬地：廣東
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IQtree：使用 SNP 數(shù)據(jù)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹 -
RNA-seq用hisat2本慕、stringtie踏堡、DESeq2分析一碌燕、安裝軟件 1折汞、HISAT2 將reads比對到基因組上 2倔幼、StringTie 將比對好的reads進行拼裝并預(yù)計表達水平 3、SAM tools 課上已經(jīng)用sudo a...
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水稻轉(zhuǎn)錄組分析Hisat2+Stringtie+Deseq2
關(guān)于流程： Nature Communications 文章 《Gaining comprehensive biological insight into the trano...
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snpEff注釋水稻基因組1安裝方法 首先安裝好java環(huán)境爽待，通過官網(wǎng)下載最新版本的軟件壓縮包损同，然后解壓即可翩腐，最好安裝在自己熟悉的目錄下。 java檢測 java -version 配置數(shù)據(jù)庫 有一些...
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dos2unix安裝
軟件地址https://sourceforge.net/projects/dos2unix/ 1.服務(wù)器上下載 wget https://zenlayer.dl.source...
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ANNOVAR注釋水稻基因組
軟件： 1gffread conda install -c bioconda gffread gffread NIP-T2T.gff3 -T -o nip_t2t.gtf 2...
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最后結(jié)果沒看懂茂卦，顯著位點是Chr1__272173254。但是最后區(qū)間怎么是Chr1__272167657:Chr1__272167710组哩，怎么會不包含顯著位點等龙？
11.GWAS：確定候選區(qū)間
確定了與表型顯著的SNP位點后，通常會選擇在顯著性位點所在位置前后禁炒，各一定的距離內(nèi)而咆，確定候選區(qū)間，進行候選基因挖掘幕袱，而這個距離如何確定暴备？9.5 GWAS顯著SNP篩選及曼哈頓...
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BSA 操作實戰(zhàn)
2.1. bwa建立索引文件 bwa index-a bwtsw-p zm437/home/chaim/disk/zm437/Zea_mays.AGPv4.dna.tople...
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您好 (6) 將野生型親本的reads重新比對到新構(gòu)建的野生型參考基因組上
找由于錯配導(dǎo)致的變異位點，用于后續(xù)的排除和過濾
使用軟件：bwa摄欲、cover refine轿亮、cover call 這個里面用的軟件找不見呀使用MutMap快速定位突變基因：流程篇
在上一篇文章《使用MutMap快速定位突變基因：原理篇》中，我對MutMap的原理進行的簡單的介紹胸墙。在本篇教程中我注，我會對MutMap分析的流程及分析過程中使用到的軟件及其參數(shù)...
