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RDKit|在PostgreSQL中進行分子相似性搜索
文章目錄 一、分子指紋計算二家淤、相似性搜索三、自定義搜索函數(shù) 一拔创、分子指紋計算 本文介紹在windows環(huán)境下况增，使用rdkit函數(shù)在postgre...
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RDKit|在PostgreSQL中進行分子結(jié)構(gòu)搜索與查詢
文章目錄一、環(huán)境搭建二翁脆、數(shù)據(jù)表準備三眷蚓、結(jié)構(gòu)搜索與查詢 1.smiles子結(jié)構(gòu)搜索 2.smarts子結(jié)構(gòu)搜索 3.立體信息的結(jié)構(gòu)搜索 4.帶取代...
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RDKit|支持RDKit的PostgreSQL環(huán)境搭建與基本操作
一、環(huán)境配置1.windows下的安裝與初始化2.用戶設(shè)置與服務(wù)啟動 二反番、操作使用1.cmd操作2.python操作 一沙热、環(huán)境配置 Postgr...
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RDKit|分子修改與編輯
文章目錄 一、初級篇 氫原子顯示與隱藏 芳香鍵與kekule式轉(zhuǎn)換 二罢缸、高級篇 Atom和Bond對象的編輯功能 RWMol類的編輯功能 一篙贸、初...
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RDKit|分子基礎(chǔ)操作與藥效團查找分子基礎(chǔ)操作與藥效團查找 文章目錄 1.原子操作 2.鍵操作 3.環(huán)操作 4.手動實現(xiàn)氧族藥效團查找 1.原子操作 在rdkit中，分子中的每一...
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RDKit|通過Recap和BRICS對分子拆解與合成
文章目錄 1.Recap拆解 2.BRICS拆解 3.BRICS合成 Recap和BRICS對分子拆解與合成 1.Recap拆解 另一個與化學(xué)反...
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RDKit|在化學(xué)反應(yīng)中對原子進行保護
文章目錄 1.rxn文件創(chuàng)建反應(yīng) 2.保護目標原子 在化學(xué)反應(yīng)中保護原子 本文是化學(xué)反應(yīng)的進階操作枫疆，關(guān)于使用rdkit進行化學(xué)反應(yīng)的操作可以參考...
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RDKit|化學(xué)反應(yīng)操作與處理
化學(xué)反應(yīng)1.SMARTS創(chuàng)建反應(yīng)2.rxn文件創(chuàng)建反應(yīng)3.產(chǎn)物后處理 化學(xué)反應(yīng) Rdkit中提供了基于SMARTS的化學(xué)反應(yīng)操作爵川，可以通過SMA...
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RDKit|骨架分解與側(cè)鏈分離
一、骨架分解1.Murcko Scaffold2.Generic Framework 二息楔、側(cè)鏈分離1.rdRGroupDecomposition...