發(fā)簡信
IP屬地：江蘇
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Conpair---配對樣本檢查一致性及樣本污染情況
https://github.com/nygenome/conpair 依賴：python、numpy配乓、scipy、GATK3 numpy、scipy安裝： GATK4無法使...
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python學習(1)——join(),set(list)
1.今天做文件切割再寫入另一個文件，將字符串和列表同時寫入時報錯柔袁，查了join()函數(shù),然后再用的時候發(fā)現(xiàn)list第一列被"吃掉了"晚凿。研究半天才發(fā)現(xiàn)，是被自己蠢哭瘦馍，字符串末尾...
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GATK4-部分工具包常用參數(shù)記錄
VariantFiltrationFilter variant calls based on INFO and/or FORMAT annotaitions. 不能使用VQS...
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Annovar(1) 注釋也能輸出vcf格式（--vcfinput）
一直知道用table_annovar.pl的輸入文件可以是vcf format也可以是avinput format歼秽，今天才發(fā)現(xiàn)輸出文件也可以是vcf format： 1）不僅...
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GATK4-Mutect2-FilterMutectCalls
最近在搭建大panel（528基因）Tumor-Normal樣本分析的管線，用的是GATK4-Mutect2工具情组。 1.GATK4用到的數(shù)據(jù)庫（b37） 2.Mutect2 ...
