發(fā)簡信
IP屬地：西藏
-
氣候因子PCA姨伟，熱圖分析
df=read.csv("19en.csv", header=T, row.names=1)head(df)data.pca <- prcomp(df[,1:19])summ...
-
Ne繪圖（折線圖）
ggplot(data = df, mapping = aes(x=year, y=value,linetype=type, colour=type, shape=type,...
-
人類參考基因組下載比對
下載參考基因組wget https://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/all/GCA/000/001/405/GCA_000001405.28_GRCh3...
-
sambada軟件的使用
1 SNP名稱替換 替換固定列的內(nèi)容 awk -F "\t" '{ OFS="\t" }{1"chr"2=4"'snp'"}1' goat232-1.map > goat23...
-
NJ樹構(gòu)建（splitstree）
cd /mnt/d/peng/climate/paper-climate/climate-1/NJtreeplink --file 72breeds --indep-pai...
-
SNP分析命令
E:\ > cd e:E:E:\ > cd plink-1E:\plink-1>plink –file test Map 更新Plink --goat --file data...
-
structure2
library(LEA) 結(jié)果會生成test.geno文件的數(shù)據(jù). output = ped2lfmm("72breeds-ro.ped") 使用LEA進行structure...
-
CLR分析
for line in cat chr_griddochr={line##*,}./SweeD -name B1.chr{i}.vcf -grid ${grid} -mins...
-
Pophelper（V 2.3.0)堆積柱狀圖的R包
pophelper包的安裝 pophelper包在Github中，所以需要用到devtools包來進行安裝 輸入文件 sfiles <- list.files("struct...
-
plink 做PCA
plink 做PCA --vcf vcf 或者vcf.gz --recode 輸出格式 --out 輸入前綴 --const-fid 添加群體信息 --allow-extr...
