deepTools 是一套基于python開發(fā)的工具，適用于有效處理分析高通量測序數(shù)據(jù)，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
發(fā)簡信
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deepTools 使用指南 -
ATAC-seq專題---生信分析流程ATAC-seq信息分析流程主要分為以下幾個部分：數(shù)據(jù)質(zhì)控诫龙、序列比對杨帽、峰檢測窟哺、motif分析涛菠、峰注釋屹篓、富集分析疙渣，下面將對各部分內(nèi)容進(jìn)行展開講解。 一堆巧、測序數(shù)據(jù)過濾與質(zhì)量評估 ...
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用pheatmap畫熱圖
假裝是前言 學(xué)了很久的R妄荔，一直也沒啥進(jìn)展，之前一直覺得R不是很容易的東西嗎谍肤，復(fù)制粘貼代碼就好了啦租。。emmm荒揣，太年輕太年輕篷角。。 我用R的日常就是畫熱圖系任，各種各樣的熱圖恳蹲。所以網(wǎng)上...
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RNA-seq數(shù)據(jù)分析---方法學(xué)文章的實(shí)戰(zhàn)練習(xí)前言 這次給大家?guī)淼氖?6年發(fā)表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇處理RNA-seq數(shù)據(jù)的文章：Transcript-level expression analy...
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嫁衣上紅花藏
今年是我和她相識的第十年，相戀的第七年俩滥，結(jié)婚嘉蕾，的第三年。十年前举农，執(zhí)我一半去尋另一半荆针。七年前，我不知道她將以怎樣的形式豐饒我的心田颁糟。三年前航背，我以為已經(jīng)接納了她的咸咸甜甜±饷玻可是玖媚，...
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10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組亞群細(xì)分策略10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組 10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的核心就是聚類，但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的聚類到目前為止還存在很多困難和挑戰(zhàn)婚脱，具體可以參考文獻(xiàn)Chall...
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scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程擬時（pseudotime）分析今魔，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程障贸，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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R包SCENIC:安裝
SCENIC:Single Cell rEgulatory Network Inference and Clustering 目前支持分析的物種：人错森、鼠、果蠅 input的要...
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Markdown基本語法Markdown是一種純文本格式的標(biāo)記語言篮洁。通過簡單的標(biāo)記語法涩维，它可以使普通文本內(nèi)容具有一定的格式。 相比WYSIWYG編輯器 優(yōu)點(diǎn)：1袁波、因?yàn)槭羌兾谋就卟灾灰С諱arkd...
