最近紐約復(fù)工，因?yàn)槊刻煲鰧?shí)驗(yàn)（還得全程戴口罩，非常悶得慌）潦牛，比不了之前每天都在家可以為所欲為的自學(xué)生信，所以更新也少了很多~ Hi-C的技術(shù)相關(guān)背景學(xué)習(xí)筆記我在之前有寫(xiě)過(guò)（...
發(fā)簡(jiǎn)信
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Hi-C分析練習(xí)（從fastq文件到contact矩陣） -
比較基因組學(xué)常用分析軟件和分析方法
轉(zhuǎn)載自https://blog.csdn.net/qq_36608036/article/details/109466468[https://blog.csdn.net/qq...
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「基因組學(xué)」使用CAFE進(jìn)行基因家族擴(kuò)張收縮分析環(huán)境準(zhǔn)備 安裝軟件: 參考「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)行直系同源基因分析 安裝OrthoFinder狠角，然后再安裝CAFE 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備: 一共會(huì)分析mouse, r...
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【比較基因組】共線(xiàn)性分析（WGDI）如果一個(gè)物種在進(jìn)化過(guò)程中發(fā)生了多倍體化，那么蚪腋，在基因組上就會(huì)存在一些共線(xiàn)性區(qū)域（即兩個(gè)區(qū)域之間的基因是旁系同源基因丰歌，其基因的排布順序基本一致）姨蟋。多倍化以及后續(xù)的基因丟失和二倍...
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GWAS與基因表達(dá)量的聯(lián)合分析前言 我們知道GWAS描述的是snp與表型之間的關(guān)系，即利用線(xiàn)性模型尋找與某種性狀顯著相關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)立帖。但是發(fā)揮生物學(xué)功能的往往是蛋白質(zhì)眼溶，蛋白質(zhì)是由轉(zhuǎn)錄本翻譯而來(lái)，那么建立基因表...
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滑窗統(tǒng)計(jì)基因組的一些特征值比如基因密度和GC含量1.劃分窗口bedtools makewindows -g Chr.length -w 50000 > 50k.windows 2.計(jì)算每個(gè)滑窗內(nèi)基因的數(shù)量 #同理可以...
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deeptools工具系列——比較不同bw_bam的信號(hào)差異目錄 前言 bamCompare 工具1.1 工具原理1.2 使用說(shuō)明1.3 使用實(shí)例 bigwigCompare 工具2.1 使用說(shuō)明2.2 使用實(shí)例 前言 今天主要介紹下...
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如何高效而且優(yōu)雅地比較多物種的不同基因組區(qū)域晓勇？寫(xiě)在前面 高通量測(cè)序技術(shù)的普及堂飞，帶來(lái)的是遍地的基因組。昨日绑咱，OneKP項(xiàng)目又發(fā)了一個(gè)Paper【因?yàn)楹芫靡郧八麄兙桶l(fā)過(guò)绰筛，數(shù)據(jù)也早就可以獲取】。他們?cè)侔l(fā)多少paper描融，事實(shí)上铝噩，...
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跟著Nature Communications學(xué)數(shù)據(jù)分析：基因組水平的比對(duì)鑒定結(jié)構(gòu)變異論文 Pan-genome inversion index reveals evolutionary insights into the subpopulation stru...
