1、fastq文件 一般我們從公司里得到的原始測序數(shù)據(jù)都是屬于fastq.gz文件, .gz是一種壓縮格式的縮寫，于是首先第一步是對這些壓縮格式進行解壓操作 解壓好的文件即正...
IP屬地：陜西
-
2卸伞、RNAseq(2)--測序原始數(shù)據(jù)處理（Clean data） -
基因 ID 和 Symbol 轉(zhuǎn)換前言 看了這么多期的 circos旭蠕，都有點乏了，換換口味也是好的。 下面，咱就開始吧嬉愧。 做生信分析，總是免不了要給基因 ID 和 Symbol 轉(zhuǎn)換來轉(zhuǎn)換去喉前。 方法 一般要進...
-
整理ICGC 表達數(shù)據(jù)參考：ICGC數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)提取表達矩陣/如何提取癌癥數(shù)據(jù)--生信自學(xué)網(wǎng)使用spread 出現(xiàn)的坑--劉小澤簡書 目的：當(dāng)我們使用TCGA 表達數(shù)據(jù)没酣，數(shù)據(jù)以gene-sample...
-
Hic-pro的結(jié)果文件轉(zhuǎn)化為.hic文件，在juicebox中實現(xiàn)可視化hic數(shù)據(jù)經(jīng)過Hic-pro處理后卵迂，會生成allvalidpairs文件裕便，這是所有有效配對的文件。一般想要可視化的話见咒，比較復(fù)雜偿衰。這時我們就可以把它轉(zhuǎn)化為.hic文件，放到j(luò)u...
-
Hic-pro 的安裝
目前處理Hi-c數(shù)據(jù)的工具主要是Hic-pro和juicer改览。juicer相對來說更好用一些哎垦，因為更加流程化一些。(具體使用方法見《HIC數(shù)據(jù)介紹及相關(guān)分析》）但鑒于Hic-...
-
使用wget下載GEO數(shù)據(jù)我們有時需要下載GEO數(shù)據(jù)恃疯，使用getGEO的話比較麻煩，特別是當(dāng)我們只需要其中某一兩個文件時墨闲。但是當(dāng)我們直接復(fù)制文件鏈接今妄，使用wget下載時，卻只能下載當(dāng)前的網(wǎng)頁。 經(jīng)過我...
