TPM是RNAseq測序結(jié)果里很好的歸一化表達矩陣，以前都是FPKM阶牍，但目前TPM才是主流喷面，很多測序公司也開始用TPM作為基因定量單位進行分析了，基因表達分布走孽、相關(guān)性系數(shù)和主...
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有了TPM麸祷，怎么做基因表達分析澎怒、相關(guān)性分析和主成分分析 -
如何利用R語言實現(xiàn)logistic逐步回歸導 語 在日常學習或工作中經(jīng)常會使用線性回歸模型對某一事物進行預測惧辈，例如預測房價、身高磕瓷、GDP盒齿、學生成績等，發(fā)現(xiàn)這些被預測的變量都屬于連續(xù)型變量困食。然而有些情況下边翁，被預測變量可...
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單/多個基因在組間同時展示的多種選擇：分組小提琴圖、分組/分面柱狀圖硕盹、單基因蜂群點圖拼圖繪制這是ggplot2可視化專題的第二個實例操作 【ggplot2的基本思路見前文總論】：基于ggplot2的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組可視化：總述和分文目錄 【ggplot2繪圖具體...
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“我不想24歲了符匾，還花家里的錢”
今天接到一個小姑娘的咨詢，她問我的公眾號有沒有兼職可以提供瘩例，她可以做一些簡單的下游分析賺點外快啊胶。 我說沒有呀。 科研服務是個苦差事 其實倒是經(jīng)常有一些讀者來求助垛贤，想要找我們做...
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GEO數(shù)據(jù)庫-ID轉(zhuǎn)換系列(一)GEO數(shù)據(jù)庫-ID轉(zhuǎn)換系列(一) 作者：jzhang 前言：我們都知道很多人在進行GEO數(shù)據(jù)庫挖掘的時候焰坪，首先遇到的第一個痛點就是探針I(yè)D轉(zhuǎn)換成gene symbol的問題，...
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跟著Nature Communications學數(shù)據(jù)分析：R語言做隨機森林模型并對變量重要性排序論文 Drivers and trends of global soil microbial carbon over two decades https://www.natu...
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TCGA-miRNA的生存分析引言：之前寫了mRNA的生存分析聘惦，對于miRNA來說基本一致某饰，只不過因為從TCGA上下載的miRNA的reads文件和mRNA有一點不一樣，需要額外處理一下。TCGA-mRN...
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生信文章數(shù)據(jù)分析--TCGA生存分析首先對該文中第一幅圖進行分析露乏，該圖描述的是：通過單因素生存分析發(fā)現(xiàn)碧浊，在TCGA-GC患者樣本中，Stromal scores與患者預后明顯相關(guān)(P=0.012)瘟仿。 數(shù)據(jù)下載 ...
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TCGA和GEO套路文章解說文章，重在研究思路比勉。有好的思路劳较，才能有精彩的故事。很多時候浩聋，我們想找一個好點子观蜗，比如性狀，疾病相關(guān)的關(guān)鍵分子衣洁，需要設(shè)計實驗墓捻，做大量的分子篩選的工作，對于土豪實驗室可以可以大把...
