一、簡介 SOAPdenovo2是用于short-read組裝的軟件，能夠組裝出類似人類基因組大小的de novo草圖脱柱。SOAPdenovo主要用于大型植物和動(dòng)物基因組的組裝...
發(fā)簡信
IP屬地：吉林
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基因組組裝—SOAPdenovo2的使用 -
測序數(shù)據(jù)的深度育叁、覆蓋度等計(jì)算Coverage Depth 覆蓋深度 mapping depth 基因組被測序片段（短讀 short reads）“覆蓋”的強(qiáng)度有多大流码？ 每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測序...
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Augustus 基因從頭預(yù)測
目前的從頭預(yù)測軟件大多是基于HMM(隱馬爾科夫鏈)和貝葉斯理論更鲁，通過已有物種的注釋信息對(duì)軟件進(jìn)行訓(xùn)練霎箍，從訓(xùn)練結(jié)果中去推斷一段基因序列中可能的結(jié)構(gòu)，在這方面做的最好的工具是AU...
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vcf_to_ped_convert.pl 使用指南最近在做遺傳統(tǒng)計(jì)學(xué)的作業(yè)澡为，卻慘遭ensembl背刺具體表現(xiàn)為線上工具連接1kGenome數(shù)據(jù)庫失效 不過在工具的index頁面[https://www.ensembl.org...
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lab1-數(shù)據(jù)預(yù)處理本節(jié)要點(diǎn)： 缺失值處理 歸一化 數(shù)據(jù)導(dǎo)入 缺失值處理 若缺失值的個(gè)數(shù)大于10漂坏，忽略該元組 剩余元組中的缺失值用相應(yīng)列的平均值代替 輸出處理后數(shù)據(jù)的行數(shù)和列數(shù) 歸一化 最小-最...
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1025利用熵評(píng)估基因表達(dá)的不穩(wěn)定性作業(yè)要求： 根據(jù)給定的兩個(gè)數(shù)據(jù)文件genefile.txt（基因表達(dá)譜）和geneid（基因ID號(hào)），利用熵值評(píng)價(jià)各個(gè)基因的表達(dá)穩(wěn)定性，并找出前10個(gè)表達(dá)最不穩(wěn)定的基因（可能...
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一個(gè)愛讀書，喜歡旅游筋夏，不會(huì)說話的IT懶癌蒂胞。
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lab2-DEG_heatmap-st練習(xí)1：從PDAC-NET.txt表達(dá)譜中獲得PDAC和NET的差異基因，(顯著性水平為0.05 条篷，fdr 控制在0.01)并對(duì)上述差基因畫熱圖骗随。 heatmap必備包 以下...
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1013基因組信息-關(guān)聯(lián)檢驗(yàn)作業(yè)沾點(diǎn)數(shù)學(xué)的東西總能讓我琢磨好一陣子。完成作業(yè)順便復(fù)習(xí)一下知識(shí)點(diǎn)解答一下自己的疑惑赴叹。 關(guān)聯(lián)檢驗(yàn)中 期望值 的理解 以題目信息為例 這是實(shí)際觀察到的一個(gè)狀態(tài) 一看到這個(gè)列聯(lián)表鸿染，讓...
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lab1_練習(xí)1, 2練習(xí)一 用mas5方法計(jì)算每個(gè)探針的表達(dá)是否是真實(shí)的，可以用mas5calss()實(shí)現(xiàn)乞巧，結(jié) 果中P,M,A分別表示present(表達(dá)),margina,absent(未表達(dá)...
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affy 包處理affymetrix 表達(dá)譜芯片在正式開始操作前做了一些資料的收集涨椒，正好搜到了18級(jí)學(xué)姐的CSDN文章，從她的作業(yè)流程中參考了很多↓ 用Bionconductor的affy包處理.cel文件_affy包怎么...
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生物統(tǒng)計(jì)學(xué) | Fisher精確檢驗(yàn)
最近論文吃緊绽媒，本來想搞搞群體多樣性的蚕冬，無奈沒時(shí)間，為了保持簡書上我這個(gè)號(hào)殘余的一點(diǎn)熱乎氣是辕，今天晚上分享一篇8年前寫的舊文囤热，主要講Fisher檢驗(yàn)的，有些不盡如意的地方稍作了一...
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自然科普專題收錄與推薦標(biāo)準(zhǔn)請參考: http://www.reibang.com/p/e38bf5116797 如因?yàn)橐恍┛筛膭?dòng)的問題被拒稿，請?jiān)谛薷暮蠛喰怕?lián)系主編：刷牙喝涼白開疙教，主編審核后將收錄符合要求的文章棺聊；如在了解收錄標(biāo)準(zhǔn)后仍對(duì)拒稿有異議，也可簡信聯(lián)系主編松逊。 《自然科普月刊》將恢復(fù)發(fā)刊躺屁，歡迎大家踴躍投稿肯夏，投稿可發(fā)鏈接給主編经宏。 專題長期招募副編。副編招募信息見下： http://www.reibang.com/p/9d116265ccc1
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Hi，很高興在@IT·互聯(lián)網(wǎng)專題遇見你徊都。 收錄范圍：收錄IT&互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)觀察與思考沪斟，數(shù)碼產(chǎn)品極客體驗(yàn)分析等類型文章 投稿須知：http://www.reibang.com/p/4edc76104c27 專題主編：@若錦 http://www.reibang.com/u/e4c63b354a77 官方社群：可聯(lián)系添加 @若錦 加入專題官方社群交流、學(xué)習(xí)，添加時(shí)備注簡書ID主之。
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如果你是程序員槽奕，或者有一顆喜歡寫程序的心几睛，喜歡分享技術(shù)干貨、項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)粤攒、程序員日常囧事等等所森，歡迎投稿《程序員》專題。 專題主編：小彤花園 http://www.reibang.com/users/4a4eb4feee62/ 【程序員】專題拒稿指北：http://www.reibang.com/p/7c8b33b5f63b 投稿須知： 1.收錄相關(guān)技術(shù)文章夯接，但不限于技術(shù)焕济，也可以是項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)類的文章和程序員日常。 2.文章內(nèi)不得有任何推廣信息盔几。包括但不限于公眾號(hào)晴弃、微博、微信逊拍，更不得在通過投稿后再修改文章加入推廣信息肝匆。你可以將這些推廣以及個(gè)人信息放在個(gè)人主頁介紹里。 3.字?jǐn)?shù)極少顺献，段落混亂旗国，大段代碼沒有放到代碼框的文章不收錄 4.不相關(guān)的內(nèi)容不收錄，請確認(rèn)文章內(nèi)容和本專題相關(guān) 目前針對(duì)優(yōu)質(zhì)作者及愛好者注整，開設(shè)了官方程序員微信群能曾，希望加入請發(fā)簡信給主編小彤花園索取個(gè)人微信，主編會(huì)將你加入到【程序員】微信群肿轨，分享內(nèi)容寿冕，收獲知識(shí)。添加微信時(shí)備注昵稱椒袍。
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