生信編程日常 - 簡(jiǎn)書

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生信編程日常

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Davey1220

使用pheatmap包繪制熱圖
加載所需R包設(shè)置工作路徑構(gòu)建測(cè)試數(shù)據(jù)集將熱圖結(jié)果按聚類后的順序輸出

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生信編程日常

解決matplotlib中的Invalid DISPLAY variable錯(cuò)誤
在本地pyplot畫圖可以運(yùn)行，但是在服務(wù)器顯示以下錯(cuò)誤：其實(shí)這是因?yàn)閙atplotlib是默認(rèn)畫圖backend是TkAgg预伺，這個(gè)需要有GUI的圖形界面稀蟋。只需要指定不需要...

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生信阿拉丁

ATAC-seq分析干貨-2
作者 | Arno審稿 | 童蒙編輯 | amethyst 上一期我們介紹了ATAC-seq相關(guān)的背景知識(shí)。ATAC-Seq能幫助我們從全基因組范圍內(nèi)推測(cè)可能的開放染色質(zhì)位點(diǎn)...

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生信編程日常

matplotlib圓環(huán)圖/餅圖顯示比值
構(gòu)建一個(gè)顯示的數(shù)值的函數(shù)昼激，將plt.pie中的autopct=該函數(shù)即可。代碼：生成圖：

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生信編程日常

scHCL || 鑒定人的單細(xì)胞數(shù)據(jù)細(xì)胞類型
以自己的seurat對(duì)象的分群來(lái)鑒定細(xì)胞類群參考：https://github.com/ggjlab/scHCL[https://github.com/ggjlab/scHCL]

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生信編程日常

ggplot重新畫seurat對(duì)象的聚類圖
參考：https://stackoverflow.com/questions/59101791/seurat-dimplot-highlight-specific-group...

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生信編程日常

jupyter配置代碼自動(dòng)補(bǔ)全
linux下安裝nbextensions，jupyter_nbextensions_configurator棋电。重啟jupyter茎截，在根目錄下，點(diǎn)擊Nbextensions標(biāo)...

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生信編程日常

cellranger拆分BCL數(shù)據(jù)
cellranger mkfastq Illumina測(cè)序下機(jī)后的數(shù)據(jù)為原始數(shù)據(jù)（raw base call ）BCL文件赶盔，拿到BCL文件之后企锌，第一步是使用cellrang...

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生信編程日常

pandas修改索引
數(shù)據(jù)如下：目的是修改index的1-0到1. 1. rename 2. map 以上方法，賦值才會(huì)改變?cè)瓉?lái)的數(shù)據(jù)于未。

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