yuxuan ICGC數(shù)據(jù)下載灰羽、表達(dá)矩陣整理相關(guān)內(nèi)容詳見小潔老師“生信星球”公眾號(hào)的推文《ICGC數(shù)據(jù)下載和整理》啦撮，本整理過程也會(huì)用其整理的數(shù)據(jù)低散，詳見： https://mp...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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ICGC臨床信息（生存信息）的整理
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學(xué)習(xí)感言--萌翻已經(jīng)跟著生信星球?qū)W習(xí)生信一個(gè)星期了盾碗，課程結(jié)束還有點(diǎn)舍不得，接下來我想談?wù)勥@周的學(xué)習(xí)感悟和所得。 其實(shí)，關(guān)注生信星球伦乔，認(rèn)識(shí)豆豆花花，都已經(jīng)有很長(zhǎng)一段時(shí)間了董习。還記得當(dāng)時(shí)畢業(yè)設(shè)計(jì)忙...
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兩個(gè)檢驗(yàn)給ceRNA錦上添花前面提到過gdcRNAtools里面的ceRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 構(gòu)建鑒定ceRNA的標(biāo)準(zhǔn)有4個(gè)：（1）lncRNA和mRNA之間共享的miRNA數(shù)量烈和；（2）lncRNA與mRNA的...
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變異數(shù)據(jù)變異數(shù)據(jù)處理的總體思路如下： 1.數(shù)據(jù)下載 TCGA的突變數(shù)據(jù)有4個(gè)軟件得到的不同版本： 這個(gè)可以在gdc的官網(wǎng)上找到，case選擇KIRC皿淋，文件類型選擇maf即可獲得招刹。 選...
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Seurat官方教程 | pbmc3k_tutorial最新版Compiled: March 18, 2021 來源：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html[...
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特異度（specificity）與靈敏度（sensitivity）前言 在論文閱讀的過程中，經(jīng)常遇到使用特異性（specificity）和靈敏度（sensitivity）這兩個(gè)指標(biāo)來描述分類器的性能窝趣。對(duì)這兩個(gè)指標(biāo)表示的含有一些模糊疯暑，這里查閱...
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使用ggplot畫出帶圓圈的tsne聚類圖這是是生信技能樹生信爆款入門課程[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247497973&idx=2...
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簡(jiǎn)單高效滴處理R語言里的小數(shù)
舉個(gè)栗子 這是一組隨機(jī)數(shù)，假如需要把這樣的一組數(shù)字放在圖里哑舒，是需要整齊統(tǒng)一的顯示出來妇拯。基本上有兩種思路洗鸵，一是保留相同的位數(shù)越锈，二是用相同格式的科學(xué)計(jì)數(shù)法表示。 方法一：統(tǒng)一保留...
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快捷查找KEGG里的通路和基因
需求 1.快捷查找ID對(duì)應(yīng)的description膘滨，知道通路對(duì)應(yīng)的編號(hào)是多少甘凭。2.找出某一個(gè)/幾個(gè)通路里的全部基因，用來做單獨(dú)的下游分析火邓。 如果是要做KEGG的富集分析对蒲，cl...
