整個圖> setwd("F:/XZHMU/huangyue/metagene plot")> bed_file1 <- "Sham_3_summits_UCSC_final....
發(fā)簡信
IP屬地：湖北
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2025-02-02 代表性metagene plot
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2025-02-01 R做的peak metagene plot
所有bug暫且不表性昭，只記錄有用的 環(huán)境&包摔竿，因為是新電腦温治，全是新裝的if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install...
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2025-01-30 用R畫個5堿基的motif
library(ggseqlogo) SNI截motif3的4-8位E-value:7.8e-016 prob_matrix <- matrix(c( 0.000000, ...
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2025-01-28 再用DREME跑一個motif看看咸淡
發(fā)現(xiàn)當初學的DREME被淘汰了 試了用streme寫了一個，先把所有sequences.fasta移動到/home/data/t210424/m6a/peak3 streme...
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2025-01-27 上一個peakcalling我上來就忘記了input所以重來 最后用的結果也在這里
順利運行的peakcall3.sh #!/bin/bashinput_dir="/home/data/t210424/m6a/filtered"output_dir="/ho...
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2025-01-27 我再試試peakcall完做overlap 然后發(fā)現(xiàn)寫錯了
先對單個文件做了peak call快鱼， /home/data/t210424/m6a/filtered/singlepeakcall.sh #!/bin/bashinput_d...
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2025-01-26 又不知道在做個什么東西可能是m6am下游 輸出了一份很奇怪的motif
/home/data/t210424/m6a/qs.sh做個bam文件過濾 #!/bin/bashinput_dir="/home/data/t210424/m6a"outp...
