我的數(shù)據(jù)沒有start和end睁冬，只有一個位點德崭，應(yīng)該怎么轉(zhuǎn)換呢缤剧？
LINUX | liftOver：基因組坐標(biāo)轉(zhuǎn)換hg38到hg191 準(zhǔn)備bed文件（R） 2 下載坐標(biāo)轉(zhuǎn)換對應(yīng)文件锭沟，hg38TOhg19 3 下載轉(zhuǎn)換工具 4 進(jìn)行轉(zhuǎn)換 5 查看結(jié)果
《KEGG信號通路數(shù)據(jù)庫使用》應(yīng)該在哪里找啊陪捷？想知道詳細(xì)的KEGG Mapper的用法踩窖。蟹蟹
解螺旋《KEGG信號通路數(shù)據(jù)庫使用教程》學(xué)習(xí)筆記KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 京都基因與基因組百科全書 特點： 綜合數(shù)據(jù)庫乓诽，建立了跨物種聯(lián)系帜羊。 基于可計算的形式捕...
最近學(xué)習(xí)畫單細(xì)胞的擬時序軌跡圖，有一些收獲鸠天。大家經(jīng)常使用的一般是monocle讼育，DPT等；RNA velocity是一個比較復(fù)雜的方法稠集，它通過細(xì)胞轉(zhuǎn)錄時細(xì)胞內(nèi)成熟mRNA和m...
我們?nèi)粘Ｔ趃gplot繪圖時巍杈，使用的都是 最近新發(fā)現(xiàn)了一個顏色版忧饭；可以通過 ggthemes的命令 scale_color_tableau()獲得: 感覺挺好看的，默認(rèn)的是"...
高通量： 10X（3′ or 5′ scRNA-seq methods ） 特點：只有部分基因體覆蓋較低的細(xì)胞覆蓋深度 低通量： SMART-seq2 特點：較低的細(xì)胞通量（...
最近剛好用到韋恩圖，但是由于term比較多因俐，VennDiagram的可視化效果并不好拇惋。然后再一個帖子里看到了UpSetR和Y叔的改進(jìn)版本upsetplot。 UpSetR 一...
三陰性乳腺癌是乳腺癌的一種亞型抹剩，其特征是缺乏雌激素受體（ER：estrogen receptor)撑帖、孕激素受體（PR：progesterone receptor)和HER2擴(kuò)增。
還不太完善澳眷，有時間會慢慢補(bǔ)充胡嘿。有問題的可以提問，一起研究钳踊。
功能注釋富集分析工具總結(jié)最近用來做功能注釋的方法非常多衷敌，走過多個坑之后，對功能注釋做一個總結(jié)拓瞪。 我們常用的功能注釋也就是GO缴罗，KEGG，和Reactom祭埂，MSigDB數(shù)據(jù)庫都有提供其gmt文件面氓，對于...
