@52b7d2b6d42c 理論上是从铲，但是如果你用像cutadapt或者trimmomatic之類的 一般的QC軟件瘪校，應(yīng)該都會根據(jù)input的引物清除好的
qiime2踩雷手記前言 之前一直使用qiime1+usearch或者qiime1+vsearch，因?yàn)橐恢焙茉嵅iime2里封閉的系統(tǒng)名段。但最近還是因?yàn)槟承┬枨笮枰锢锿馔獾目匆欢裶iime2...
發(fā)簡信
IP屬地：湖北
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@52b7d2b6d42c 分情況吧阱扬，一定程度上會的，畢竟多了一段 序列伸辟，而且序列還有一定的分組特征
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前言 之前一直使用qiime1+usearch或者qiime1+vsearch麻惶，因?yàn)橐恢焙茉嵅iime2里封閉的系統(tǒng)。但最近還是因?yàn)槟承┬枨笮枰锢锿馔獾目匆欢裶iime2...
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@061e8e35ace0 說明可信度比較低警没，類似于pvalue大于0.05吧
進(jìn)化樹上的N種數(shù)值
序言 大晚上的不知道干些啥好，想起了之前積累的一個(gè)小小的問題振湾。這里搜一下資料杀迹，快速的整理出一小篇文章好了~ 內(nèi)容大概就是 N種phylogenetic tree上不同的數(shù)字 ...
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@易拉罐000 如果當(dāng)成一個(gè)sample(也就是不demultiplex的話)，可以不加那一列押搪，import data時(shí)使用type SampleData[SequencesWithQuality]或者pair end對應(yīng)的那個(gè)
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前言 之前一直使用qiime1+usearch或者qiime1+vsearch树酪，因?yàn)橐恢焙茉嵅iime2里封閉的系統(tǒng)。但最近還是因?yàn)槟承┬枨笮枰锢锿馔獾目匆欢裶iime2...
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Fastq-dump: 一個(gè)神奇的軟件現(xiàn)在可以用fasterq-dump, 速度更快嵌言，請閱讀都8102年了嗅回，還用fastq-dump，快換fasterq-dump吧 做生信的基本上都跟NCBI-SRA打過交道,尤...
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@52d4c2724e0b 不一定，可能已經(jīng)去除了娃豹。不去除的話可能會影響后續(xù)的分析焚虱，最好還是去除
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前言 之前一直使用qiime1+usearch或者qiime1+vsearch，因?yàn)橐恢焙茉嵅iime2里封閉的系統(tǒng)懂版。但最近還是因?yàn)槟承┬枨笮枰锢锿馔獾目匆欢裶iime2...
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那你得找原作者要metadata鹃栽？barcode是用來分庫(demultiplex)的，如果數(shù)據(jù)本身已經(jīng)分好了就不用管了吧躯畴，但是沒分好你得找原作者要民鼓。一般好像沒看到有會把barcode直接放NCBI的，或者看文章的supplement有沒有
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前言 之前一直使用qiime1+usearch或者qiime1+vsearch蓬抄，因?yàn)橐恢焙茉嵅iime2里封閉的系統(tǒng)丰嘉。但最近還是因?yàn)槟承┬枨笮枰锢锿馔獾目匆欢裶iime2...
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好像沒有什么特別好的方法，最簡單的就是import一下試試嚷缭，但是要注意sample name之類的識別的對不對
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前言 之前一直使用qiime1+usearch或者qiime1+vsearch饮亏，因?yàn)橐恢焙茉嵅iime2里封閉的系統(tǒng)。但最近還是因?yàn)槟承┬枨笮枰锢锿馔獾目匆欢裶iime2...
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學(xué)會正確選擇多序列比對（coding-sequences）軟件前幾天阅爽，實(shí)驗(yàn)室的師弟師妹通過本地blast獲取一些沒有基因組注釋物種的蛋白編碼序列路幸。原本以為可以快速地進(jìn)行下一步的選擇壓力分析，沒想到卻在多序列比對這一環(huán)節(jié)出現(xiàn)了棘手的問題付翁。...
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主要關(guān)注于脊椎動(dòng)物適應(yīng)性進(jìn)化與比較基因組學(xué)研究<br>簡書原賬號：WhyDoWeAge
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mcmctree估算物種分歧時(shí)間推斷物種系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系以及分歧時(shí)間對探討物種起源與演化具有重要意義胆敞。通過最大似然法（ML）構(gòu)建物種進(jìn)化樹以及估算物種分化時(shí)間在比較基因組學(xué)的研究進(jìn)展中已經(jīng)成為了必不可少的“套路...
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@upsidedown_a103 一般都是每個(gè)樣本的每個(gè)基因pairwise的求呀着帽，你算ka/ks需要一個(gè)reference的，一般是兩兩比對移层，互相作為reference
用以判斷選擇壓力的Ka/Ks的計(jì)算
前言 最近在看一些關(guān)于生態(tài)仍翰、遺傳、基因組進(jìn)化等的文獻(xiàn)观话，其中有個(gè)很多人用的也用了很久的用以判斷物種選擇壓力的數(shù)值予借，（Ka/Ks）。發(fā)現(xiàn)在國內(nèi)的資料中比較少频蛔，即使有灵迫，也只是教大家...
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@b0bdbb9dd9b3 不知道你用的是什么算的，但是我覺得很可能是有些不認(rèn)的堿基/AA之類的晦溪，例如兼并堿基之類的瀑粥？總而言之，我覺得軟件出問題了三圆。狞换。
用以判斷選擇壓力的Ka/Ks的計(jì)算
前言 最近在看一些關(guān)于生態(tài)避咆、遺傳、基因組進(jìn)化等的文獻(xiàn)修噪，其中有個(gè)很多人用的也用了很久的用以判斷物種選擇壓力的數(shù)值查库，（Ka/Ks）。發(fā)現(xiàn)在國內(nèi)的資料中比較少黄琼，即使有樊销，也只是教大家...
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是的，這個(gè)例子我參考的是別人脏款。围苫。我改改，謝謝~
用以判斷選擇壓力的Ka/Ks的計(jì)算
前言 最近在看一些關(guān)于生態(tài)弛矛、遺傳够吩、基因組進(jìn)化等的文獻(xiàn)，其中有個(gè)很多人用的也用了很久的用以判斷物種選擇壓力的數(shù)值丈氓，（Ka/Ks）。發(fā)現(xiàn)在國內(nèi)的資料中比較少强法，即使有万俗，也只是教大家...
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感謝回復(fù)。饮怯。闰歪。其實(shí)有幾個(gè)地方也寫錯(cuò)了，你可以重新看看蓖墅。具體地說的話库倘，就是寫啥都行，它只是一個(gè)組的定義论矾，這里有且僅有一個(gè)組教翩，所以你傳一個(gè)['a']都行
plotly繪圖說明
序 （可以不看的廢話） 從上篇博客開始就一直在忙，忙了好幾個(gè)月的文章以后贪壳，最近終于是在一個(gè)deadline之前把文章投了出去饱亿，所以也就可以重新回歸寫博客的日子了。在新年之...
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@茶苯海 plotly的局限性也不少闰靴，看自己需求選擇不同的包來使用吧
plotly 4.0自來水公司通告（可視化python模塊推薦）
序言 雖然上次寫了一個(gè)plotly繪圖說明的一篇文章彪笼，向大家介紹了一下plotly這個(gè)很好用的python的畫交互式圖/網(wǎng)頁的庫，但時(shí)代畢竟在變化蚂且，最近在我再次上plotly...
個(gè)人介紹
常居中國南方的 化學(xué)生物狗一只配猫，現(xiàn)在溜去CUHK讀博去了，從事生物信息的工作杏死。常用語言 python泵肄、R捆交、javascript，熟練使用python的工程師一枚凡伊。