謀劃半年多，又決定開(kāi)始學(xué)生信，甚至還考了個(gè)生信專(zhuān)業(yè)的研究生，主要還是覺(jué)得生信分析能力終究是個(gè)非常有用的工具。兜兜轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)又回來(lái)了狈孔，立個(gè)flag先，這次一定堅(jiān)持下去！ 看著四年前寫(xiě)...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：加州
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學(xué)生信的那些事兒之十七 - 繞了一圈又回來(lái)了
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查爾斯·達(dá)爾文的小時(shí)候
1809年2月12日霎奢，查爾斯·達(dá)爾文出生在英國(guó)，大西洋的對(duì)岸千里之外的美國(guó)總統(tǒng)林肯也在同一天出生饼灿，同樣在2月幕侠，英國(guó)的軍艦炮轟了中國(guó)澳門(mén)，泱泱中華逐漸滑落深淵碍彭。 對(duì)于成功人士晤硕，...
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學(xué)生信的那些事兒之十六 - 生信技能樹(shù)VCF格式文件的shell小練習(xí)
開(kāi)始做題前需要生成vcf文件先： 想要順利的把題目做完，基礎(chǔ)的Linux命令當(dāng)然需要熟練運(yùn)用庇忌，更關(guān)鍵的是對(duì) vcf 文件格式和內(nèi)容的了解舞箍。 把突變記錄的vcf文件區(qū)分成 IN...
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學(xué)生信的那些事兒之十五 - 生信技能樹(shù)sam和bam格式文件的shell小練習(xí)20題
用上一節(jié)下載的bowtie2軟件中自帶的測(cè)試數(shù)據(jù)生成sam和bam文件先： 一、統(tǒng)計(jì)共多少條reads(pair-end reads這里算一條)參與了比對(duì)參考基因組 二皆疹、統(tǒng)計(jì)...
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學(xué)生信的那些事兒之十四 - 生信技能樹(shù)fasta和fastq格式文件的shell小練習(xí)20題
第18題和第20題不會(huì)做疏橄，求高手指教啊~~ 該練習(xí)使用的數(shù)據(jù)為bowtie2中的示例數(shù)據(jù)，獲取方法如下： 統(tǒng)計(jì)reads_1.fq 文件中共有多少條序列信息 輸出所有的rea...
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學(xué)生信的那些事兒之十三 - 生信技能樹(shù)Linux練習(xí)20題
1. 在任意文件夾下面創(chuàng)建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夾系列略就。 2. 在創(chuàng)建好的文件夾下面捎迫，比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/...
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學(xué)生信的那些事兒之十二 - RNAseq 分析流程之用aspera工具下載SRA數(shù)據(jù)
在Linux系統(tǒng)下安裝了conda，配置了鏡像残制，創(chuàng)建了分析環(huán)境立砸，并且在環(huán)境下下載了常用的分析軟件，那么接下來(lái)做什么呢初茶？鍋碗瓢盆颗祝、油鹽醬醋都已準(zhǔn)備妥當(dāng)浊闪，準(zhǔn)備開(kāi)火煮飯卻發(fā)現(xiàn)沒(méi)有米...
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學(xué)生信的那些事兒之十一 - RNAseq 分析流程之Conda安裝和軟件下載
理論上講，前面非陈荽粒基礎(chǔ)的Linux知識(shí)學(xué)到位之后是可以“開(kāi)始”嘗試實(shí)戰(zhàn)一下RNAseq分析的上游部分的搁宾。 不過(guò)呢，如果把組學(xué)的分析想象成是做一幅畫(huà)的話(huà)倔幼，Linux基礎(chǔ)知識(shí)僅僅...
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學(xué)生信的那些事兒之十 - 如何用shell腳本創(chuàng)建套娃式目錄
大佬說(shuō)盖腿，你這自學(xué)進(jìn)度太慢了，先把Linux20題搞定了再詳談损同。于是趕緊翻出題目來(lái)寫(xiě)代碼翩腐，前面四題半都超easy（畢竟基礎(chǔ)到底了），做到第五題的時(shí)候終于卡殼了膏燃，題干如下： 在任...