劉小澤寫(xiě)于2020.2.6最近再一次做起了轉(zhuǎn)錄組色建，但這一次需求有點(diǎn)小改變，需要自己定制一下擎场，具體原因看本文吧柒巫。其中要特別表?yè)P(yáng)花花??同學(xué)，幫了個(gè)大忙！ 問(wèn)題由來(lái) 我們一般進(jìn)行富...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：湖南
-
一個(gè)看似簡(jiǎn)單的需求——修改富集分析的dotplot圖 -
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-12-RPKM概念及計(jì)算方法劉小澤寫(xiě)于19.7.9+12-第二單元第十講：RPKM概念及計(jì)算方法筆記目的：根據(jù)生信技能樹(shù)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：http:...
-
ensembl_id轉(zhuǎn)換之兩種方法比較
一個(gè)基因在不同的數(shù)據(jù)庫(kù)有不同的名字：1.Entrez gene ID：我們一般說(shuō)的Gnen ID即Entrez gene ID卦尊，是用一串?dāng)?shù)字表示的（在NCBI里面用）2.Ge...
-
技能帖 | 基因ID和基因名如何快速互換，三分鐘即可做到
在我們進(jìn)行組學(xué)數(shù)據(jù)分析或者看別人給我們的數(shù)據(jù)報(bào)告的時(shí)候舌厨，經(jīng)常會(huì)看到諸如ENSG00000141738 之類的名稱岂却，面對(duì)這樣的名稱，我們往往是得不到任何信息的裙椭，更不可能把這樣的...
-
Stringtie的使用說(shuō)明
參考文獻(xiàn)：stringtie enables improved reconstruction of a transcriptome from rNA-seq reads幫助文...
-
單細(xì)胞分析——如何確定合適的分辨率（resolution）水滴石穿躏哩，非一日之功 本期內(nèi)容同時(shí)發(fā)布于單細(xì)胞天地微信公眾號(hào)。 在進(jìn)行單細(xì)胞分析時(shí)揉燃，非常重要的一步就是聚類分群扫尺，而在這個(gè)過(guò)程當(dāng)中經(jīng)常令人困惑的是如何選擇一個(gè)合適的分辨率（re...
-
單細(xì)胞 | Seurat文件生成最近想使用文獻(xiàn)中的數(shù)據(jù)集，發(fā)現(xiàn)每篇文獻(xiàn)提供的數(shù)據(jù)格式都不太一樣你雌，創(chuàng)建seurat對(duì)象會(huì)遇到一些問(wèn)題器联。以標(biāo)準(zhǔn)的輸入文件為例二汛，命名為barcodes.tsv.gz、feature...
-
FastQC數(shù)據(jù)質(zhì)控報(bào)告的詳細(xì)解讀
Basic Statistics 基本信息 Encoding: 測(cè)序平臺(tái)編號(hào)拨拓，現(xiàn)在Sanger/ Illumina 1.8以上都是Phred 33編碼 Total sequ...
