主成分分析（Principal component analysis嫉柴，PCA）是將多個存在相關(guān)關(guān)系的變量，降維為幾個互不相關(guān)的指標(biāo)奉呛，也就是主成分计螺。我的數(shù)據(jù)相對來說，有點復(fù)雜侧馅，...
發(fā)簡信
IP屬地：北京
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3.表型數(shù)據(jù)：主成分分析 -
全基因組選擇的模型匯總（轉(zhuǎn)載）本文轉(zhuǎn)載自：Bionifarmer[https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/14375487.html]危尿。個人感覺非常好呐萌。如有侵權(quán)馁痴，請聯(lián)系我。...
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3 - BLUP的基本特性及求解方法回顧上一次的一個OLS, GLS肺孤，SI, MME的發(fā)展示意圖： MME是Henderson將混合模型的轉(zhuǎn)換得到 1 MME的起源 Henderson提出罗晕，其想法是結(jié)合OLS與...
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使用 docker 搭建 linux blast 環(huán)境，進(jìn)行本地 blast 分析
啟動 docker（啟動前肯定是先進(jìn)行 docker 安裝和 liunux 環(huán)境的下載赠堵，如需本步小渊，下次進(jìn)行介紹） 創(chuàng)建鏡像并創(chuàng)建新用戶 安裝必要基礎(chǔ)軟件 安裝 blast 并...
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linux添加中文字體linux系統(tǒng)中默認(rèn)沒有中文字體羡儿，進(jìn)行網(wǎng)頁設(shè)計或者報告設(shè)計時需要對字體進(jìn)行設(shè)置礼患，這時很多時候需要添加中文字體 首先，可以使用fc-list查看現(xiàn)在的字體image.png 如...
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perl 安裝包工具cpanm及l(fā)ib路徑設(shè)置
使用cpanm進(jìn)行安裝cpanm本身是個文件掠归，地址：https://raw.githubusercontent.com/miyagawa/cpanminus/master/c...
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RIdeogram：染色體數(shù)據(jù)可視化的R包已有的工具如circos, 只能繪制彎的染色體缅叠，又如R包chromoMap，IdeoViz虏冻，karyploteR肤粱，ggbio和在線工具Idiographica，雖然能繪制直的...
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使用RIdeogram繪制染色體圖譜參考文章：http://www.reibang.com/p/07ae1fe18071需求描述：我想繪制差異表達(dá)基因在染色體上的分布厨相，或開放染色質(zhì)在染色體上的分布或CTCF在...
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karyoploteR: 畫一個測序深度分布圖??測序深度的分布圖是很常見的一類圖领曼，可用于發(fā)現(xiàn)染色體片段或整條染色體的缺失或是重復(fù)。如果是缺失蛮穿，測序時捕獲的概率就小庶骄，最終比對呈現(xiàn)出來的就是有一段區(qū)域深度明顯偏低；如果是重...
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SNP在染色體上的密度分布圖有兩種方法践磅，先看比較簡單的一種： 結(jié)果： 第二種方法就比較復(fù)雜了单刁，需要準(zhǔn)備兩個文件：一個是包含染色體長度的文件chr_length.txt，格式如下： 一個是包含各個基...
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linux創(chuàng)建賬戶
創(chuàng)建組 創(chuàng)建用戶 -u 1006 指定id 適用于已經(jīng)創(chuàng)建過用戶,再是系統(tǒng)重裝等原因造成的需要重新創(chuàng)建賬號,保持與原始的記錄一致 -d 指定目錄結(jié)構(gòu) -g 指定歸屬組 最后設(shè)...
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linux間免密登錄
生成公鑰 ssh-keygen -t rsa 不改名字 生成 注意:.ssh目錄的權(quán)限必須是700.ssh/authorized_keys文件權(quán)限必須是600上述操作必須在兩...
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Genome-wide association mapping reveals a rich genetic architecture of complex traits in Oryza sativa
11年的NC 的文章群體進(jìn)化-GWAS分析
群體進(jìn)化-gwas分析 群體進(jìn)化基礎(chǔ)分析 PCA 分析原理PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分析方法俐巴，是一種使用最廣泛的數(shù)據(jù)...
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你好骨望，咱這個劃 bin 的代碼有文獻(xiàn)可引用或者基于那篇文章來的呢？
binmap-123
原網(wǎng)址：1）http://www.jintiankansha.me/t/etiz287dU8 2）http://www.jintiankansha.me/t/i81Con4f...
個人介紹
畢業(yè)于山東大學(xué)窜骄，具有6年生物信息分析工作經(jīng)驗锦募，一直從事動植物及人的重測序方向。擅長群體重測序及GWAS分析邻遏；進(jìn)行過NIPT糠亩，CNV虐骑，腫瘤ctDNA，遺傳腫瘤等人類健康方向相關(guān)的分析赎线；使用linux廷没，perl，R垂寥，git等